
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

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  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Hi Jeffrey,<br>

    <br>

      The "measure rotation" command determines the rotation between the

    coordinate frames of two models that have been moved relative to one

    another.  A rigid motion involves a rotation and a translation.  The

    rotation axis direction and angle is uniquely determined (for

    rotation angles > 0) but the axis could go through any point in

    space.  Using axes that go through different points just changes the

    translation needed to achieve the rigid motion.  There is a point

    you can choose the rotation axis to go through such that the

    translation needed is only parallel the rotation axis.  Basically

    the rigid motion consists of a rotation about this axis, and a

    translation parallel to that axis.  That is the rotation axis

    placement given by "measure rotation".  It does not allow you to

    place the axis wherever you want.<br>

    <br>

      There is currently no option in the measure rotation command to

    make the slab display larger.  You can edit a Python file<br>

    <br>

        chimera/share/MatchDomains/__init__.py<br>

    <br>

    changing the lines near the end<br>

    <br>

        e = 2       # Factor for enlarging square<br>

        dz = chimera.cross(axis, sq1) * .05 # Thickness vector<br>

    <br>

    to say<br>

    <br>

         e = 4<br>

         dz = chimera.cross(axis, sq1) * .1<br>

    <br>

    to make the slabs bigger.<br>

    <br>

      I'll add a feature request to improve the measure rotation command

    to include slab size options.<br>

    <br>

        Tom<br>

    <br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTinFufqZTckxCjyDsYoK0ae4xUMMLA@mail.gmail.com"

      type="cite">Hi,

      <div>I'm currently working on a gp140 model and have docked

        coordinates for 2 different conformations. I am trying to

        measure the rotation between the docked coordinates using the

        method in the EM-fit tutorial and i had a few questions.</div>

      <div>How does the "measure rotation #1 #3 showslab true" command

        measure the rotation? How does it determine the axis of

        rotation? Is it possible for me to create my own axis? Is there

        any way to increase the size of the slabs (they are too small

        visually)?</div>

      <div><br>

      </div>

      <div>-Thanks!</div>

      <pre wrap="">

<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

</pre>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>