<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Yen-Chywan,<br>
    <br>
      The Chimera "hkcage" command makes a cage of pentagons and
    hexagons to show virus symmetry.  For example,<br>
    <br>
        open emdbID:1058<br>
        hkcage 1 1 radius 170 orient 222r linewidth 4 color blue<br>
    <br>
    The hkcage command has options for the lattice parameters for your
    virus, its radius, what icosahedral coordinate system is being
    used.  Here's the documentation.<br>
    <br>
       
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hkcage.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hkcage.html</a><br>
    <br>
       
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials/volumetour/volumetour.html#icoscage">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials/volumetour/volumetour.html#icoscage</a><br>
    <br>
    The meshmol command can make the edges of the cage cylinders instead
    of lines.<br>
    <br>
       
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/meshmol.html</a><br>
    <br>
    The HHMI virus viewer Chimera tool is not part of the standard
    Chimera distribution.  It was made for a CD distributed by the
    Howard Hughes Medical Institute<br>
    <br>
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://wwwtest.cgl.ucsf.edu/Outreach/ViralOutbreak/index.html">http://wwwtest.cgl.ucsf.edu/Outreach/ViralOutbreak/index.html</a><br>
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.hhmi.org/catalog/main?action=product&itemId=366">http://www.hhmi.org/catalog/main?action=product&itemId=366</a><br>
    <br>
    We don't distribute it separately.<br>
    <br>
       Tom<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:02b801cc1043$e6355590$b2a000b0$@sinica.edu.tw"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
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        {font-family:PMingLiU;
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Dear Tom,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I attend Scripps cryoEM workshop before and
          meet you there.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Attach please find a screen capture of a
          virus. But there is a icosahedra cage. My question is how to
          display that cage with my virus volume?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I did find it in HHMI virus viewer demo
          movie. But where can download this viewer?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Thanks<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Yen-Chywan<o:p></o:p></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>