Respected sir,<br>                   I am using chimera for the first time.I just want to ask that after successfully removing all clashes/contacts in my pdb file using commandline arguement  selectively,I am unable to save this modified pdb file even after trying many a times.Everytime I am saving my pdb file after modifications,the changes are not at all saved and again when I am opening the pdb file ,it is showing the same clashes/contacts.Sir,please help by providing the required steps as to how to save the changes one has made in the pdb file. <br>