<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
I tried Gasteiger & that crashed as well. When I do PDB2PQR, w/out an additional mol2 file, I get warnings in the output that it could not compute charges for a long list of atoms, essentially all the atoms in the ligands. That's why I went to the mol2 file. I already have all-atom structures with H before I input into chimera. <br><br>I also tried writing a mol2 file from Maestro. It does not have charges. I tried adding partial charges manually, derived from CHARMM topology files. That crashes PDB2PQR, but that's someone else's problem, not yours.<br><br>Thanks!<br>Irene<br><br>> Subject: Re: [Chimera-users] trying to add charges<br>> From: meng@cgl.ucsf.edu<br>> Date: Wed, 27 Apr 2011 15:10:14 -0700<br>> CC: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> To: einew@hotmail.com<br>> <br>> Hi Irene,<br>> Antechamber QM calculations are more likely to fail the larger and more highly charged the ligand. I would instead choose Gasteiger (the simpler method) if the PDB2PQR server actually needs partial charges for the nonstandard residues.  You might not need the charges ... I'm not sure.  From this page, it sounds like PDB2PQR will try to figure them out for you:<br>> <http://www.poissonboltzmann.org/pdb2pqr/examples/ligand-parameterization><br>> <br>> If charges aren't needed, you could just use Chimera to add hydrogens and then write a Mol2 file (Chimera menu File... Save Mol2).<br>> I hope this helps,<br>> Elaine <br>> -----<br>> Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>> University of California, San Francisco<br>> <br>> On Apr 27, 2011, at 2:48 PM, Irene Newhouse wrote:<br>> <br>> > I'd like to do a PDB2PQR run of my protein with its 'ligands' - actually substrates & am having problems getting the server to recognize my mol2 file.  So I thought I'd use chimera to add charges & write, hopefully, a compatible mol2 file.  I'm having problems with that as well. This is a pdb of the ligands:HETATM 8225 MG    MG A 291      25.874  25.146  58.617  1.00  0.00          Mg2+<br>> > HETATM 8226  C4  FPS A 292      25.754  19.949  62.737  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8227  C3  FPS A 292      26.088  21.273  63.475  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8228  C2  FPS A 292      26.021  22.571  63.132  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8229  C1  FPS A 292      25.656  23.447  61.998  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8230  S1  FPS A 292      27.204  24.181  62.219  1.00  0.00           S<br>> > HETATM 8231  P1  FPS A 292      27.928  23.762  60.771  1.00  0.00           P<br>> > HETATM 8232  O1  FPS A 292      28.873  24.955  60.385  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8233  P2  FPS A 292      28.554  26.180  59.405  1.00  0.00           P<br>> > HETATM 8234  O2  FPS A 292      28.206  25.713  57.968  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8235  O3  FPS A 292      27.331  26.943  59.830  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8236  O4  FPS A 292      29.622  27.136  59.149  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8237  O5  FPS A 292      26.862  23.528  59.683  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8238  O6  FPS A 292      28.976  22.661  61.190  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8239  C5  FPS A 292      26.754  21.192  64.778  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8240  C6  FPS A 292      26.118  20.990  66.155  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8241  C7  FPS A 292      27.084  20.015  66.840  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8242  C8  FPS A 292      28.144  20.342  67.618  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8243  C9  FPS A 292      28.586  21.777  67.991  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8244  C10 FPS A 292      28.618  19.212  68.506  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8245  C11 FPS A 292      27.622  19.162  69.634  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8246  C12 FPS A 292      27.899  18.054  70.615  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8247  C13 FPS A 292      28.127  18.187  71.942  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8248  C14 FPS A 292      28.131  19.492  72.723  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8249  C15 FPS A 292      28.358  16.835  72.549  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8250  H4  FPS A 292      24.677  19.881  62.580  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8251  H5  FPS A 292      26.263  19.931  61.773  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8252  H1  FPS A 292      25.472  22.838  61.113  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8253  H11 FPS A 292      24.694  24.092  62.300  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8254  H14 FPS A 292      28.310  18.659  67.618  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8255  H15 FPS A 292      29.626  18.910  68.790  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8256 H141 FPS A 292      28.344  19.287  73.772  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8257 H142 FPS A 292      28.897  20.155  72.320  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8258 H143 FPS A 292      27.155  19.970  72.638  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8259  H91 FPS A 292      29.470  21.732  68.628  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8260  H92 FPS A 292      28.821  22.333  67.083  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8261  H93 FPS A 292      27.779  22.279  68.525  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8262  H7  FPS A 292      26.852  18.977  66.652  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8263  H61 FPS A 292      26.054  21.948  66.670  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8264  H62 FPS A 292      25.117  20.575  66.036  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8265  H51 FPS A 292      27.451  20.354  64.779  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8266  H52 FPS A 292      27.298  22.117  64.967  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8267  H4  FPS A 292      26.087  19.103  63.338  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8268  H12 FPS A 292      27.905  17.074  70.162  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8269 H151 FPS A 292      28.547  16.946  73.646  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8270 H152 FPS A 292      27.455  16.195  72.388  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8271 H153 FPS A 292      29.246  16.355  72.064  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8272 H111 FPS A 292      27.646  20.103  70.183  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8273 H112 FPS A 292      26.622  19.003  69.230  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8274  H2  FPS A 292      26.305  23.333  63.843  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8348  O3  IPE A 586      21.257  22.023  59.139  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8349  C1  IPE A 586      21.725  22.610  60.331  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8350  C2  IPE A 586      21.891  21.539  61.401  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8351  C3  IPE A 586      22.135  21.746  62.732  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8352  C4  IPE A 586      22.476  23.125  63.351  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8353  C5  IPE A 586      22.090  20.534  63.651  1.00  0.00           C<br>> > HETATM 8354  P1  IPE A 586      22.541  22.279  58.101  1.00  0.00           P<br>> > HETATM 8355  O1  IPE A 586      23.289  23.718  58.505  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8356  O2  IPE A 586      23.635  21.031  58.224  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8357  O7  IPE A 586      21.980  22.381  56.596  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8358  P2  IPE A 586      22.517  20.944  55.933  1.00  0.00           P<br>> > HETATM 8359  O4  IPE A 586      24.120  21.122  55.494  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8360  O5  IPE A 586      22.398  19.740  57.082  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8361  O6  IPE A 586      21.597  20.552  54.601  1.00  0.00           O<br>> > HETATM 8362  H6  IPE A 586      20.970  20.939  61.359  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8363  H7  IPE A 586      22.711  20.896  61.047  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8364  H4  IPE A 586      22.660  23.213  64.432  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8365  H5  IPE A 586      22.534  24.017  62.710  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8366  H1  IPE A 586      21.090  20.076  63.606  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8367  H2  IPE A 586      22.843  19.801  63.329  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8368  H3  IPE A 586      22.303  20.848  64.684  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8369  H11 IPE A 586      22.687  23.089  60.148  1.00  0.00           H<br>> > HETATM 8370  H12 IPE A 586      21.008  23.356  60.675  1.00  0.00           H<br>> > END <br>> > <br>> > When I try to add charges, chimera chews on it for a bit, then gives me a message that amber has stopped running, check the log file. When I click on the log file, the only message is that I've had a crash. In the older version of chimera I was running, I also tried this with only the IPE & got the same behavior.  Are my compounds just too nonstandard?<br>> > <br>> > Thanks!<br>> > Irene Newhouse<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > _______________________________________________<br>> > Chimera-users mailing list<br>> > Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> > http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br>> <br>                                    </body>
</html>