Thanks.<div><br></div><div>In regards to adding fake bonds...I know Jmol has an algorithm for struts that allows stability in manipulated proteins. Does Chimera have an analogous algorithm to provide support for unstable structures? <br>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 8, 2011 at 1:44 PM, Greg Couch <span dir="ltr"><<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu">gregc@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">


  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    For a ZCorp printer that has the ZPrint software, I'd recommend
    exporting VRML files from Chimera.  The advantage of VRML over STL
    is that VRML includes the color information and that Chimera is not
    as good as ZPrint at decimating spheres and cylinders into
    appropriate sized triangles for 3D printing.  Use the File / Export
    Scene dialog to export VRML files from chimera or use the export
    command.  And be aware that the cylinders used for bonds might need
    to be thickened so they don't break.  And you might need to add fake
    bonds to make the structure physically stable.<br>
    <br>
        HTH,<br>
    <br>
        Greg<div><div></div><div class="h5"><br>
    <br>
    On 04/08/2011 10:16 AM, Bilal Asif wrote:
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div></div><div class="h5">Hi Elaine,
      <div><br>
      </div>
      <div>Thank you for such a comprehensive email! </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>We had some follow up questions, however, which we were
        hoping you would be able to answer. We are attempting to use
        Chimera to model proteins, and then print them using a 3D
        printer (ZCorp software). The following file types are
        compatible with the printer software:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>STL</div>
      <div>VRML</div>
      <div>3DS</div>
      <div>ZPR</div>
      <div>PLY</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Can Chimera save in any of these formats, that can be used to
        print proteins? How would one save the session as one of these?
        Additionally, I had a question about saving the session in
        Chimera, to preserve labels and colored atoms. Is such a saved
        session a Chimera-specific file, where it cannot be read by
        external programs?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thank you for your time. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Bilal Asif</div>
      <div>Stony Brook University, NY</div>
      </div></div><pre><fieldset></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><font color="#999999">Bilal Asif</font><br>
</div>