
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1256">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">

<div style=""> I was wondering if there was a script available that  would get the map density values of amino aid residues  in a model fitted to an EM or X-ray density map and then write the data to a text file?<br>

<br>

Essentially what I need is something that does something like this (but not laboriously by hand)<br>

<br>

e.g. in command line mode<br>

<br>

select #1:1.B<br>

<br>

then I use Tools>Volume Data>Fit in Map and click 'Update' to get the average map density value for the atoms in amino acid residue number 1 in chain B of model 1. 

<br>

<br>

Many thanks for your help<br>

<br>

</div>

<div><br>

<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size: 10pt;">

<div class="PlainText">Bob Ford,<br>

Manchester Interdisciplinary Biocentre, Faculty of Life Sciences,<br>

131 Princess St.,<br>

The University of Manchester<br>

Manchester   M1 7DN, UK.<br>

<br>

Tel: +44(0)161 2004187<br>

Fax: +44 (0)161 3068918<br>

bob.ford@manchester.ac.uk<br>

www.ls.manchester.ac.uk</div>

</span></font></div>

</div>

</div>

</body>

</html>