<div>Hi, I am a freshman to use Chimera. When I run "add charge" of ligand by the tutorial, and the error below appears. I would like to know the reasons and how could I solve this problem.</div><div><br></div><div>
Thank you very much!</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Charge model: AMBER ff99SB</div><div>Assigning partial charges to residue ARA (net charge +0) with am1-bcc method</div><div>Running ANTECHAMBER command: D:/drivers/Chimera 1.5.3rc/bin/amber11/bin\antechamber -ek qm_theory='AM1', grms_tol=0.02, tight_p_conv=0, scfconv=1.d-10, -i c:\users\dingzh~1\appdata\local\temp\tmpkghulj\ante.in.mol2 -fi mol2 -o c:\users\dingzh~1\appdata\local\temp\tmpkghulj\ante.out.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -j 5 -s 2</div>
<div>(ARA) cygwin warning:</div><div><br></div><div>(ARA)   MS-DOS style path detected: c:\users\dingzh~1\appdata\local\temp\tmpkghulj\ante.in.mol2</div><div><br></div><div>(ARA)   Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/users/dingzh~1/appdata/local/temp/tmpkghulj/ante.in.mol2</div>
<div><br></div><div>(ARA)   CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.</div><div><br></div><div>(ARA)   Consult the user's guide for more details about POSIX paths:</div><div>
<br></div><div>(ARA)     <a href="http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames">http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames</a></div><div><br></div><div>(ARA) /usr/bin/antechamber.exe: error while loading shared libraries: ?: cannot open shared object file: No such file or directory</div>
<div><br></div><div>(ARA) Error: cannot run ""D:/drivers/Chimera 1.5.3rc/bin/amber11/bin/bondtype" -j part -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o <a href="http://ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC">ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC</a> -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit</div>
<div><br></div><div>(ARA) Running: "D:/drivers/Chimera 1.5.3rc/bin/amber11/bin/bondtype" -j part -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o <a href="http://ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC">ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC</a> -f ac</div>
<div><br></div><div>Failure running ANTECHAMBER for residue ARA</div><div>Check reply log for details</div><div><br></div><br>-- <br>Zhaoyang Ding<div>East China University of science and technology</div><div>Shanghai China</div>
<div><br>
</div>