<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    It could be that you need to set the "Use HTTP proxy" setting, and
    the associated proxy server and proxy port, in your Web Access
    preferences for chimera to access the Internet.<br>
    <br>
        -- Greg<br>
    <br>
    On 02/25/2011 07:21 PM, Alexander Spyros Maris wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimnh_QfMGR+T8nWXiR5AH90Q8mcGT3a9x3GpXbf@mail.gmail.com"
      type="cite">Thank you Dr. Meng! Downloading the protein from the
      PDB worked, so I'll do this from now on.<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Fri, Feb 25, 2011 at 1:22 PM, Elaine
        Meng <span dir="ltr"><<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">Hi Alexander,<br>
          I don't know how that error message occurs, maybe the others
          will have some idea.  It sounds like you wouldn't be able to
          fetch anything from the PDB.<br>
          <br>
          In Chimera, I can fetch that entry and others from the PDB
          without problem.  I also tried turning off my internet
          connection first to see what error message results, but it is
          a different message from what you reported.  You could try
          using Help... Report a Bug in the Chimera menu and describe
          how you got the message, and include your email address if you
          want feedback.<br>
          <br>
          To be able to go through the tutorial now, however, you could
          just go to the PDB web site,<br>
          <<a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do" target="_blank">http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do</a>><br>
          search for entry 1d86, download the PDB file (text) to your
          computer in some location where you will be able to find it in
          a file browser, then open the file as a local file from
          Chimera (use File... Open in the menu and browse to its
          location). Then proceed with the tutorial.<br>
          <br>
          I hope this helps,<br>
          Elaine<br>
          -----<br>
          Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
          UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
          Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
          University of California, San Francisco<br>
          <div>
            <div class="h5"><br>
              <br>
              <br>
              On Feb 24, 2011, at 5:10 PM, Alexander Spyros Maris wrote:<br>
              <br>
              > Hi, I was attempting to start part of the tutorial by
              fetching "1d86" from the PDB on my windows PC when I got
              the error message "No connection because the target
              refused." Do you know how I can fix this?<br>
              > Thanks!<br>
              <br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Alex Maris<br>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>