<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Elisabeth,<br>
    <br>
      The useRotamers() documentation says it adds each rotamer using
    atom alternate location specifiers A,B,C,D,E,....  To show the
    second Rotamer (altloc B) the Chimera command would be<br>
    <br>
        show @.B<br>
    <br>
    From Python you can run a Chimera command using<br>
    <br>
        from chimera import runCommand<br>
        runCommand('show @.B')<br>
    <br>
    Another idea is to only call useRotamer() with a list containing the
    one rotamer you want to show, instead of all rotamers.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=M_cDWiVxUgz39tPjBNw+i0d_NWH6iecwEQR6R@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi all,<br>
      <br>
      I'm trying to do a script to display the "best" rotamer
      of all the rotamers that the funcion getRotamers give to me. I use
      the
      function useRotamers to display them but now I only want to
      display the
      rotamer with the less number of clashes and the highest number of
      h-bonds. I know that getRotamers return to us a list with all the
      rotamers of an aminoacid sorted by probability but I don't have
      any
      idea about how display only one of the rotamers. Anyone know how I
      can
      do it?<br>
      <br>
      Thanks in advance.<br>
      <br>
      Elisabeth<br>
      Universitat Autònoma de Barcelona (Spain)
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>