<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Boaz,<br>
    <br>
      Here's a video I made showing how to inspect numeric values of
    electrostatic potential using the mouse and the surfvalues.py
    script.<br>
    <br>
       
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/SurfaceValues/index.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/SurfaceValues/index.html</a><br>
    <br>
      Tom<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote type="cite">Hi Boaz,
      <br>
      <br>
        Glad it worked.  I saved and restored a session and it still
      worked for me.  But I have to reload the script when I restore the
      session, because it is not saved as part of the session.  The
      numbers are exactly those from the APBS map, just interpolated.  I
      believe APBS uses units of kT/e for those.  The surface is made up
      of small triangles that you can see if you show it as mesh.  The
      APBS values are interpolated for each vertex of a triangle, moved
      out along the surface normal by 1.4A.  When you place the mouse
      over a specific triangle the values at the triangle corners are
      linearly interpolated to get the value at the exact point the
      mouse is at within the triangle.
      <br>
      <br>
          Tom
      <br>
      <br>
      <blockquote type="cite">Hi Tom,
        <br>
        <br>
        It works nicely! I gather the surface has to be coloured within
        the session, then the script works. I tried it first on a
        restored session in which the surface was coloured previously,
        but it didn't work. I guess the values are as in the APBS output
        (kt/e), am I correct?
        <br>
        <br>
         Thanks again.
        <br>
        <br>
                            Boaz
        <br>
        <br>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
    <blockquote cite="mid:4D54472D.9090304@sonic.net" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
      Hi Boaz,<br>
      <br>
        That's a nice idea.  I've put a script surfvalues.py on the
      Chimera Python scripts web page to do that.<br>
      <br>
          <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
        href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a><br>
      <br>
      If you color a surface with an electrostatic potential using the
      Surface Color dialog (e.g. an APBS potential) then as you move the
      mouse over the surface the potential values used in the coloring
      will be shown.  By default the Surface Color dialog samples the
      potential 1.4 Angstroms from the surface so that is the value
      reported, not the value exactly at the surface point under the
      mouse.  This would be a nice feature to include in Chimera.  But I
      haven't worked out the details -- like how to turn this mouse mode
      off.<br>
      <br>
          Tom<br>
      <br>
      <blockquote cite="mid:fa1387576b58.4d53ff04@bgu.ac.il" type="cite">Hi,<br>
        <br>
        Is there a way to show the actual potential value of a point on
        the electrostatic surface, say by pointing at it with the
        cursor, in an analogous way to the atom names that show up that
        way?<br>
        <br>
         Cheers,<br>
        <br>
                  Boaz<br>
        <br>
        <br>
        Boaz Shaanan, Ph.D.<br>
        Dept. of Life Sciences<br>
        Ben-Gurion University of the Negev<br>
        Beer-Sheva 84105<br>
        Israel<br>
        Phone: 972-8-647-2220 ; Fax: 646-1710<br>
        Skype: boaz.shaanan<br>
        <br>
        ‎<br>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>