Hi Elaine,<br><br>The values in the table you mentioned seem to correspond to side-chain accessibility only, if I compare them to those for Gly-X-Gly peptide as in the classical paper by Miller et al. (1987), <span style="font-weight: bold;">196</span>, 641-656. Their table can also be found in the book by Creighton: Proteins, 2nd edition, p. 142.<br><br>Best regards,<br><br>                 Boaz<br><br>----- Original Message -----<br>From: chimera-users-request@cgl.ucsf.edu<br>Date: Tuesday, December 14, 2010 21:11<br>Subject: Chimera-users Digest, Vol 92, Issue 11<br>To: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br><br>> Send Chimera-users mailing list submissions to<br>>       chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> <br>> To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>>         http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br>> or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>>       chimera-users-request@cgl.ucsf.edu<br>> <br>> You can reach the person managing the list at<br>>     chimera-users-owner@cgl.ucsf.edu<br>> <br>> When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>> than "Re: Contents of Chimera-users digest..."<br>> <br>> <br>> Today's Topics:<br>> <br>>    1. Maximum surface areas for each amino acid (Tom <br>> Goddard)   2. Center of segmentation regions (Tom Goddard)<br>>    3. Chimera Error (Kshatresh Dutta Dubey)<br>>    4. Re: Chimera Error (Elaine Meng)<br>>    5. Re: Maximum surface areas for each amino acid <br>> (Elaine Meng)<br>>    6. 3D-Stereo. (ayassin@wadsworth.org)<br>>    7. merging 3D volumes (Marlovits,Thomas)<br>>    8. Re: merging 3D volumes (Elaine Meng)<br>> <br>> <br>> -----------------------------------------------------------------<br>> -----<br>> <br>> Message: 1<br>> Date: Mon, 13 Dec 2010 18:08:11 -0800<br>> From: Tom Goddard <goddard@sonic.net><br>> Subject: [Chimera-users] Maximum surface areas for each amino acid<br>> To: iropson@psu.edu<br>> Cc: 'Chimera BB' <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <4D06D18B.7040806@sonic.net><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Hi Ira,<br>> <br>>    I don't know of any table of maximal solvent <br>> accessible surface areas <br>> for each residue type when bounded by glycines.  Maybe <br>> someone on the <br>> Chimera mailing list will know.<br>> <br>>    A Chimera Python script could run through the PDB <br>> and accumulate <br>> per-residue surface area statistics.  One trouble with that <br>> would be <br>> that surface calculation fails in Chimera in some percentage of <br>> cases <br>> (~5%) due to numerical problems.<br>> <br>>      Tom<br>> <br>> > Hi Tom,<br>> ><br>> > Love the software. Do you have a table for calculating the <br>> maximum <br>> > available surface area for amino acids eg.(Gly-Xxx-Gly) so <br>> that I can <br>> > get a relative percentage exposed surface area from the <br>> calculations? <br>> > Do you know how to find one in the literature? Has anyone <br>> written a <br>> > program that describes the possible surface exposure for a <br>> residue in <br>> > a particular secondary structure and/or a particular sequence? <br>> This <br>> > maximal value would certainly be different depending on the <br>> local <br>> > sequence and structure. For example, a residue in the middle <br>> of a <br>> > helix would have to be shielded from the solvent by the i+4 <br>> and i-4 <br>> > residues, and the size of those residues would matter.<br>> ><br>> > Thanks,<br>> > Ira<br>> ><br>> ><br>> > On 12/10/10 2:41 PM, Tom Goddard wrote:<br>> >> Hi Sumitro,<br>> >><br>> >>   I made a Chimera video tutorial showing how to <br>> determine which <br>> >> residues are on the surface.<br>> >><br>> >> http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/surfaceresidues/index.html<br>> >><br>> >>   Tom<br>> <br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-<br>> users/attachments/20101213/9a05b563/attachment-0001.html <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 2<br>> Date: Mon, 13 Dec 2010 18:55:05 -0800<br>> From: Tom Goddard <goddard@sonic.net><br>> Subject: [Chimera-users] Center of segmentation regions<br>> To: twsteele2@vcu.edu, "'Chimera BB'" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <4D06DC89.40101@sonic.net><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Hi Tyler,<br>> <br>>    The Chimera Segger segmentation tool currently <br>> doesn't report the <br>> geometric center of segmentation regions or the principal <br>> axes.  I've <br>> attached a Python script that will do that.  Select the <br>> regions in <br>> Chimera then open the script (File / Open).  The results <br>> will appear in <br>> the reply log (menu Favorites / Reply Log).  The results <br>> are in physical <br>> coordinates (taking account of volume grid spacing), not grid <br>> index units.<br>> <br>>      Tom<br>> <br>> > Dr. Meng,<br>> ><br>> > I am using Segger in Chimera and displaying the principal axes <br>> for <br>> > some of my segmentations.  I am wondering if there is a <br>> way to find <br>> > the XYZ coordinates of the origin of the principal axes for <br>> each of my <br>> > segments.  Is there a way to put the coordinates for <br>> these axes in a <br>> > text file?<br>> ><br>> > Thank you,<br>> ><br>> > Tyler Steele<br>> ><br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-<br>> users/attachments/20101213/b283759a/attachment-0001.html <br>> -------------- next part --------------<br>> A non-text attachment was scrubbed...<br>> Name: centers.py<br>> Type: text/x-python-script<br>> Size: 440 bytes<br>> Desc: not available<br>> Url : http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-<br>> users/attachments/20101213/b283759a/attachment-0001.bin <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 3<br>> Date: Tue, 14 Dec 2010 11:17:44 +0530<br>> From: Kshatresh Dutta Dubey <kshatresh@gmail.com><br>> Subject: [Chimera-users] Chimera Error<br>> To: "chimera-users@cgl.ucsf.edu BB" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID:<br>>   <AANLkTin0BpYmzRNFCfax2t4AmJSE7k3oXg+0DufdEtpW@mail.gmail.com><br>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>> <br>> Dear All,<br>> When i am trying to assign partial charge on a molecule, it is <br>> giving error<br>> something like this-<br>> <br>> AttributeError: '_chimera.Atom' object has no attribute 'gaffType'<br>> File "/opt/UCSF/Chimera64-1.5rc/share/WriteMol2/__init__.py", <br>> line 289, in<br>> writeMol2<br>> atomType = atom.gaffType<br>> <br>> I am using chimera 1.5 on linux 64-bit<br>> <br>> Kindly help to resolve this problem<br>> Thanks in advance<br>> kshatresh<br>> -------------- next part --------------<br>> An HTML attachment was scrubbed...<br>> URL: http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-<br>> users/attachments/20101214/73b45a7b/attachment-0001.html <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 4<br>> Date: Tue, 14 Dec 2010 09:36:54 -0800<br>> From: Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>> Subject: Re: [Chimera-users] Chimera Error<br>> To: Kshatresh Dutta Dubey <kshatresh@gmail.com><br>> Cc: "chimera-users@cgl.ucsf.edu BB" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <11989EB7-CB47-4ADE-81D6-5196DCFB4D43@cgl.ucsf.edu><br>> Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>> <br>> Hi Kshatresh,<br>> Please use "Help... Report a Bug" in the Chimera menu instead of <br>> sending mail to chimera-users.  This will automatically <br>> include information about what version of Chimera and type of <br>> computer you are using.  If you attach the molecule <br>> structure file, and enter a description of how to generate the <br>> error, we may be able to identify the problem.  Otherwise <br>> it is not enough information.  Also, if you want to hear <br>> back, please include your email address in the bugreport.<br>> Thanks,<br>> Elaine<br>> -----<br>> Elaine C. Meng, <br>> Ph.D.                       <br>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>> University of California, San Francisco<br>> <br>> On Dec 13, 2010, at 9:47 PM, Kshatresh Dutta Dubey wrote:<br>> <br>> > Dear All,<br>> > When i am trying to assign partial charge on a molecule, it is <br>> giving error something like this-<br>> > <br>> > AttributeError: '_chimera.Atom' object has no attribute 'gaffType'<br>> > File "/opt/UCSF/Chimera64-1.5rc/share/WriteMol2/__init__.py", <br>> line 289, in writeMol2<br>> > atomType = atom.gaffType<br>> > <br>> > I am using chimera 1.5 on linux 64-bit<br>> > <br>> > Kindly help to resolve this problem<br>> > Thanks in advance <br>> > kshatresh<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 5<br>> Date: Tue, 14 Dec 2010 09:55:14 -0800<br>> From: Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>> Subject: Re: [Chimera-users] Maximum surface areas for each <br>> amino acid<br>> To: iropson@psu.edu<br>> Cc: Chimera BB <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <B5A48344-3706-403C-8FA1-8DB7A5FC5830@cgl.ucsf.edu><br>> Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>> <br>> Hi Ira,<br>> There is such a table in the Getarea online manual (about <br>> halfway down this page):<br>> <br>> <http://curie.utmb.edu/area_man.html><br>> <br>> >From that page, 'The "random coil" value of a residue X is the <br>> average solvent-accessible surface area of X in the tripeptide <br>> Gly-X-Gly in an ensemble of 30 random conformations.'<br>> <br>> Be aware, however, that various programs use different atomic <br>> radii and that those values will affect the surface areas.  <br>> Chimera likely uses different radii than Getarea, but I believe <br>> both programs use reasonable values and that it may still be <br>> useful to normalize by the Getarea random coil values as long as <br>> you are aware of these issues.  At least the default probe <br>> radius in Chimera and Getarea is the same, 1.4 Angstroms.  <br>> It is unclear if Getarea uses the same random coil values even <br>> if you specify a different probe radius.<br>> <br>> Also be careful about solvent-excluded surface (which is what <br>> Chimera displays) versus solvent-accessible surface.  <br>> Chimera gives both kinds of areas, whereas the Getarea random <br>> coil values are SAS.  The SAS is farther out from the <br>> atomic centers and the values range much larger.<br>> <br>> I hope this helps,<br>> Elaine<br>> -----<br>> Elaine C. Meng, <br>> Ph.D.                       <br>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>> University of California, San Francisco<br>> <br>> On Dec 13, 2010, at 6:08 PM, Tom Goddard wrote:<br>> <br>> > Hi Ira,<br>> >   I don't know of any table of maximal solvent <br>> accessible surface areas for each residue type when bounded by <br>> glycines.  Maybe someone on the Chimera mailing list will know.<br>> >   A Chimera Python script could run through the PDB <br>> and accumulate per-residue surface area statistics.  One <br>> trouble with that would be that surface calculation fails in <br>> Chimera in some percentage of cases (~5%) due to numerical problems.<br>> >     Tom<br>> > <br>> >> Hi Tom,<br>> >> Love the software. Do you have a table for calculating the <br>> maximum available surface area for amino acids eg.(Gly-Xxx-Gly) <br>> so that I can get a relative percentage exposed surface area <br>> from the calculations? Do you know how to find one in the <br>> literature? Has anyone written a program that describes the <br>> possible surface exposure for a residue in a particular <br>> secondary structure and/or a particular sequence? This maximal <br>> value would certainly be different depending on the local <br>> sequence and structure. For example, a residue in the middle of <br>> a helix would have to be shielded from the solvent by the i+4 <br>> and i-4 residues, and the size of those residues would matter.<br>> >> Thanks,<br>> >> Ira<br>> > <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 6<br>> Date: Sun, 12 Dec 2010 21:26:14 -0500 (EST)<br>> From: ayassin@wadsworth.org<br>> Subject: [Chimera-users] 3D-Stereo.<br>> To: chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> Message-ID:<br>>         <5424fe290c060bb1af2e8af55521f253.squirrel@webmailz1.wadsworth.org><br>> Content-Type: text/plain;charset=iso-8859-1<br>> <br>> Hello,<br>> <br>> Will the sequential stereo work with the Nvidia 3D vision kit <br>> availablewith the Toshiba 3DV series laptops? if not, What would <br>> be the best option<br>> for sequential stereo?<br>> <br>> Thank You.<br>> <br>> Aymen Yassin.<br>> <br>> <br>> <br>> IMPORTANT NOTICE: This e-mail and any attachments may contain<br>> confidential or sensitive information which is, or may be, legally<br>> privileged or otherwise protected by law from further <br>> disclosure.  It<br>> is intended only for the addressee.  If you received this <br>> in error or<br>> from someone who was not authorized to send it to you, please do not<br>> distribute, copy or use it or any attachments.  Please <br>> notify the<br>> sender immediately by reply e-mail and delete this from your<br>> system. Thank you for your cooperation.<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 7<br>> Date: Tue, 14 Dec 2010 13:10:12 +0100<br>> From: "Marlovits,Thomas" <Thomas.Marlovits@imba.oeaw.ac.at><br>> Subject: [Chimera-users] merging 3D volumes<br>> To: "chimera-users@cgl.ucsf.edu" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <F5165B14-33C1-4055-A942-57B1B334F3E2@imp.ac.at><br>> Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>> <br>> Hi,<br>> <br>> I was wondering, whether  a 3D map can be placed into a box <br>> with a user defined number or x/y/z planes ?  Ideally, I <br>> would like to place several 3D maps into boxes of the same <br>> dimensions and would like then to merge all maps into one 3D map <br>> file.  Is this possible ?<br>> <br>> Tx for your fast answer,<br>> Best,<br>> -Thomas<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> Thomas C Marlovits<br>> Research Group Leader<br>> marlovits@imp.ac.at<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> Message: 8<br>> Date: Tue, 14 Dec 2010 11:10:06 -0800<br>> From: Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>> Subject: Re: [Chimera-users] merging 3D volumes<br>> To: "Marlovits,Thomas" <Thomas.Marlovits@imba.oeaw.ac.at><br>> Cc: "chimera-users@cgl.ucsf.edu" <chimera-users@cgl.ucsf.edu><br>> Message-ID: <9E99068D-40F3-4C06-B8C8-2FB752AAB4AB@cgl.ucsf.edu><br>> Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>> <br>> Hi Thomas,<br>> The command "vop add" merges maps. (There is a similar "vop <br>> subtract" command too.)  If the maps are not on the same <br>> grid, this resamples as needed. It lets you specify a subregion <br>> (which planes to use) from the reference map.<br>> <br>> <http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#add><br>> <br>> I hope this is what you had in mind,<br>> Elaine<br>> -----<br>> Elaine C. Meng, <br>> Ph.D.                       <br>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>> University of California, San Francisco<br>> <br>> On Dec 14, 2010, at 4:10 AM, Marlovits,Thomas wrote:<br>> <br>> > Hi,<br>> > I was wondering, whether  a 3D map can be placed into a <br>> box with a user defined number or x/y/z planes ?  Ideally, <br>> I would like to place several 3D maps into boxes of the same <br>> dimensions and would like then to merge all maps into one 3D map <br>> file.  Is this possible ?<br>> > Tx for your fast answer,<br>> > Best,<br>> > -Thomas<br>> > <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------------------<br>> <br>> _______________________________________________<br>> Chimera-users mailing list<br>> Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>> http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br>> <br>> <br>> End of Chimera-users Digest, Vol 92, Issue 11<br>> *********************************************<br>> <BR><BR>Boaz Shaanan, Ph.D.<br>Dept. of Life Sciences<br>Ben-Gurion University of the Negev<br>Beer-Sheva 84105<br>Israel<br>Phone: 972-8-647-2220 ; Fax: 646-1710<br>Skype: boaz.shaanan</BR></BR>‎