
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Hi Tyler,<br>

    <br>

      The Chimera Segger segmentation tool currently doesn't report the

    geometric center of segmentation regions or the principal axes. 

    I've attached a Python script that will do that.  Select the regions

    in Chimera then open the script (File / Open).  The results will

    appear in the reply log (menu Favorites / Reply Log).  The results

    are in physical coordinates (taking account of volume grid spacing),

    not grid index units.<br>

    <br>

        Tom<br>

    <br>

    <blockquote type="cite"><font face="Default Sans

        Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2">Dr. Meng,

        <div><br>

        </div>

        <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>I

          am using Segger in Chimera and displaying the principal axes

          for some of my segmentations.  I am wondering if there is a

          way to find the XYZ coordinates of the origin of the principal

          axes for each of my segments.  Is there a way to put the

          coordinates for these axes in a text file?  </div>

        <div><br>

        </div>

        <div>Thank you,</div>

        <div><br>

        </div>

        <div>Tyler Steele</div>

        <div><br>

        </div>

      </font></blockquote>

  </body>

</html>