
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    Hi Ira,<br>

    <br>

      I don't know of any table of maximal solvent accessible surface

    areas for each residue type when bounded by glycines.  Maybe someone

    on the Chimera mailing list will know.<br>

    <br>

      A Chimera Python script could run through the PDB and accumulate

    per-residue surface area statistics.  One trouble with that would be

    that surface calculation fails in Chimera in some percentage of

    cases (~5%) due to numerical problems.<br>

    <br>

        Tom<br>

    <br>

    <blockquote cite="mid:4D0681FE.2050207@psu.edu" type="cite">

      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

        http-equiv="Content-Type">

      Hi Tom,<br>

      <br>

      Love the software. Do you have a table for calculating the maximum

      available surface area for amino acids eg.(Gly-Xxx-Gly) so that I

      can get a relative percentage exposed surface area from the

      calculations? Do you know how to find one in the literature? Has

      anyone written a program that describes the possible surface

      exposure for a residue in a particular secondary structure and/or

      a particular sequence? This maximal value would certainly be

      different depending on the local sequence and structure. For

      example, a residue in the middle of a helix would have to be

      shielded from the solvent by the i+4 and i-4 residues, and the

      size of those residues would matter.<br>

      <br>

      Thanks,<br>

      Ira<br>

      <br>

      <br>

      On 12/10/10 2:41 PM, Tom Goddard wrote:

      <blockquote cite="mid:4D02826F.3010302@sonic.net" type="cite">

        <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

          http-equiv="Content-Type">

        Hi Sumitro,<br>

        <br>

          I made a Chimera video tutorial showing how to determine which

        residues are on the surface.<br>

        <br>

            <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"

href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/surfaceresidues/index.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/videodoc/surfaceresidues/index.html</a><br>

        <br>

          Tom<br>

      </blockquote>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>