<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Elaine,<br>
    <br>
      This question has come up several times and requires some steps to
    answer.  It strikes me as a good question to base a screen-capture
    video demo on.<br>
    <br>
        Tom<br>
    <br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:0E77FFCA-5D85-4B56-9DF0-2BE4D60A9555@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <div>On Nov 30, 2010, at 4:55 AM, Beale, John wrote:</div>
      <br>
      <blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span"
          style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica;
          font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal;
          letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2;
          text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal;
          widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: medium;">
          <div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt;
            font-family: 'Times New Roman',serif;"><b><span
                style="font-size: 11pt; font-family: Calibri,sans-serif;
                color: rgb(31, 73, 125);"><o:p></o:p></span></b></div>
          <div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt;
            font-family: 'Times New Roman',serif;"><b><span
                style="font-size: 11pt; font-family: Calibri,sans-serif;
                color: rgb(31, 73, 125);">I have another question that
                maybe you can answer. Is there a way in Chimera to
                select only internal amino acids of a protein (I would
                like to select hydrophobic amino acids away under the
                surface of my protein to try and identify hydrophobic
                core groups)?</span></b></div>
        </span></blockquote>
      <div><br>
      </div>
      Hi John,
      <div>After you have displayed a surface, then (even if you hide
        the surface), the atoms and residues will have surface area
        values assigned as an attribute.  Amino acid hydrophobicity is
        another attribute.  You can select by attribute values or
        combinations of attribute values, for example, residues with
        little exposed surface area but high hydrophobicity values.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>Example:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>open 2gbp</div>
        <div>surface</div>
        <div>~surf</div>
        <div>select :/areaSES<10 and kdHydrophobicity>1</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>... you wouldn't necessarily use those cutoffs, may want to
        experiment and see what works best in your case.  Then you could
        choose "Actions... Write List" from the menu to save a list of
        the selected residues to a text file.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>More details:  </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The surface area attributes are named areaSES
        (solvent-excluded, where the probe surface goes; this is the
        type of surface Chimera displays) and areaSAS
        (solvent-accessible, where the probe sphere center goes), as
        described here:</div>
      <div><<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/representation.html#surfaces">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/representation.html#surfaces</a>></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The hydrophobicity attribute is named kdHydrophobicity and is
        described here:</div>
      <div><<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hydrophob.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hydrophob.html</a>></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>The names of the attributes are relevant because you would
        choose them in the "Select by Attribute" dialog (menu Select...
        By Attribute Value), or enter the names in the Command Line to
        select residues by their values.  To use a combination of
        multiple attributes, I would use the Command Line approach. </div>
      <div><<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#descriptors">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#descriptors</a>>
         </div>
      <div><<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#resprops">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#resprops</a>></div>
      <div><br>
      </div>
      <div> However, the "Select by Attribute" dialog can still be
        useful for showing you histograms of the values in your
        structure; you would need to change to attributes of "residues"
        and then choose the particular attribute by name to see its
        histogram.</div>
      <div><<a moz-do-not-send="true"
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/render/render.html#select">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/render/render.html#select</a>></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I hope this helps,</div>
      <div>Elaine</div>
      <div>
        <div>
          <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
            separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica;
            font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal;
            font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height:
            normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none;
            white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
            <div>
              <div>----------</div>
              <div>Elaine C. Meng, Ph.D. </div>
              <div>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt
                Lab</div>
              <div>Department of Pharmaceutical Chemistry</div>
              <div>University of California, San Francisco</div>
              <div><br>
              </div>
            </div>
          </span></div>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>