Dear Elaine,<br>        Thanks alot. I hope I can able to solve my problem now. I will try it up. <br><br>Best of luck,<br>Aditya.<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 1, 2010 at 9:35 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Aditya,<br>
To read in trajectory formats, you need to start MD Movie (choose Tools... MD/Ensemble Analysis... MD Movie).  That gives a file browser for opening trajectory formats.<br>
<br>
As you said, these formats are not in the main "File... Open" dialog.  It is because reading in a trajectory usually requires more than one file and sometimes additional user-specified parameters.<br>
<br>
MD Movie documentation:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/framemovie.html</a>><br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
<div class="im">Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</div><div><div></div><div class="h5">On Oct 31, 2010, at 10:12 PM, Aditya Padhi wrote:<br>
><br>
> Hi Elaine,<br>
>     I have tried the tools that you have mentioned in detail but I am getting the .crd and .parm7 file in my MD simulation. So, when I am trying to open these, there is no file formats of these in Chimera. Can you suggest any solution for it? How can Chimera can read these files.<br>

>     Kindly help me as I have no idea.<br>
> Thank you.<br>
> Aditya.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>********************************************<br>Aditya Kumar Padhi<br>Ph.D Scholar<br>School of Biological Sciences (SBS)<br>Indian Institute of Technology Delhi<br>
New Delhi-110016, India<br>Contact no:+91-9711539958<br>********************************************<br>