<HTML>
<HEAD>
<TITLE>Re: [Chimera-users] Per-atom RMSD</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Thanks Elaine, it works.<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;Ibrahim<BR>
<BR>
<BR>
On 10/8/10 5:05 PM, &quot;Elaine Meng&quot; &lt;<a href="meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi Ibrahim,<BR>
Maybe I am not understanding your question correctly, but if you have two structures, the RMSD at each position is simply the CA-CA distance. &nbsp;If you have three or more, it is more truly an RMSD. &nbsp;But either way, yes, you can get that information after showing the sequence alignment of the superimposed structures. &nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
<BR>
First superimpose the structures using whatever method you prefer, even some other program. &nbsp;Here is a discussion of methods in Chimera:<BR>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/superposition.html</a>&gt;<BR>
<BR>
Then use the Match-&gt;Align tool to generate a corresponding sequence alignment of 2 or more structures.<BR>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/matchalign/matchalign.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/matchalign/matchalign.html</a>&gt;<BR>
<BR>
Then in the sequence alignment window, the &quot;header&quot; named RMSD can be displayed, if it is not already, by choosing Headers... RMSD from that window's menu. &nbsp;The values are shown in a histogram over the sequences, but you can save them to a file as well, by choosing Headers... Save.<BR>
<BR>
More about sequence alignment headers including RMSD:<BR>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/multalignviewer/multalignviewer.html#headers">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/multalignviewer/multalignviewer.html#headers</a>&gt;<BR>
<BR>
These things are done interactively; currently there are no Chimera commands to do them. <BR>
I hope this helps,<BR>
Elaine<BR>
</SPAN></FONT><FONT FACE="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN STYLE='font-size:12pt'>-----<BR>
Elaine C. Meng, Ph.D. &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<BR>
Department of Pharmaceutical Chemistry<BR>
University of California, San Francisco<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>On Oct 8, 2010, at 1:52 PM, Ibrahim Moustafa wrote:<BR>
<BR>
</SPAN></FONT><BLOCKQUOTE><FONT SIZE="2"><FONT FACE="Consolas, Courier New, Courier"><SPAN STYLE='font-size:10pt'>Dear Chimera,<BR>
&nbsp;I have a question regarding RMSD: I have two structures to superimpose<BR>
using certain residues; and I am interested to get the RMSD value for each<BR>
CA-atom in the structure. I wonder if there is a way to do that in Chimera?<BR>
&nbsp;I think there is no direct way; but I wonder if there is a script that can be used for that.<BR>
<BR>
For the developer: It might be useful to have a tool that can directly do that in Chimera<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Many thanks for help,<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Ibrahim<BR>
</SPAN></FONT></FONT></BLOCKQUOTE><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'><BR>
</SPAN></FONT></BLOCKQUOTE>
</BODY>
</HTML>