<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Hi Nitesh,<br>
    <br>
    I don't use DelPhi so I don't know if your function calls are
    right.  I am sure that the file you sent has totally different
    record sizes than those documented for the *.phi file format.  Could
    your file actually be a surface file rather than an electrostatic
    grid?  These questions about whether you are using DelPhi correctly
    or why the record structure of your *.phi file does not match the
    documented file format are best answered by DelPhi experts rather
    than the Chimera developers.  Let me know what you find out.<br>
    <br>
         Tom<br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,
        0); font-size: 13px;">
        <div style="">Hi Tom,<br>
          <br>
          The .phi file was generated (as is, no change made in
          extension or formatting) by the most current version of
          delphi, on windows, (using an input file formatted according
          to the sample provided on the website). 
          <br>
          The following lines were used for generating the output:<br>
          <br>
          out(modpdb, file=xyz.out)<br>
          out(phi,file=xyz.grd,format=BIOSYM)<br>
          out(phi,file=xyz.phi)<br>
          <br>
          Do you think there is a problem in these lines? <br>
          <br>
          I guess if its delphi thats producing incorrectly formatted
          output, I should take this problem to them. However, I am able
          to use the .phi files generated by delphi to load the phi map
          in Grasp2 and color the surface accordingly. So it seems
          Grasp2 is able to read this format.<br>
          <br>
          Regarding the DelphiController bug, I found the same bug
          reported a long time ago, and classified as solved.<br>
          <br>
          Thanks<br>
          Nitesh.<br>
        </div>
        <div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0);
          font-size: 16px;">
          <hr tabindex="-1">
          <div style="direction: ltr;" id="divRpF345304"><font
              color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Tom
              Goddard [<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>]<br>
            </font><br>
          </div>
          <div>Hi Nitesh,<br>
            <br>
              The file you sent me mmp92.phi is not in the correct
            format for a Delphi *.phi file.  This file is supposed to
            contain the 3-d grid of electrostatic potential values. 
            Here's what the Delphi documentation says the format should
            look like<br>
            <br>
                <a class="moz-txt-link-freetext"
href="http://www.csb.yale.edu/userguides/datamanip/delphi/manual.html#_*4_*._*2_*._*7_*"
              target="_blank">
http://www.csb.yale.edu/userguides/datamanip/delphi/manual.html#_*4_*._*2_*._*7_*</a>.<br>
            <br>
            _*4_*._*2_*._*7_*. FILE.phi:
            <p>Unformatted file</p>
            <pre> character*20 toplabel
 character*10 head,character*60 title
 real*4 phi(65,65,65)
 character*16 botlabel
 real*4 scale, oldmid(3)
</pre>
            This means the record sizes in the file should be 20, 70,
            65*65*65*4, 16, 4*4.  The last record is the "params"
            mentioned in the error message you get from Chimera and
            should be size 16 (or in newer Delphi versions 20 or 36).<br>
            <br>
            The record sizes for your mmp92.phi file are 60, 72, 284,
            284, 284, ... totally different.  I was not able to fine
            what kind of Delphi file has those record sizes.  The total
            file size 1472120 bytes is also about half a normal
            potential file.  Records shown below.  Did you rename this
            file to have the *.phi suffix?<br>
            <br>
            Someone will respond to your Delphi Controller bug report
            when it is assigned.  It used to be that this tool did not
            work on Windows.  Possibly that was fixed since I no longer
            see that limitation mentioned in the Chimera User's Guide.<br>
            <br>
                Tom<br>
            <br>
            <br>
            mmp92.phi first 5 records:<br>
            <br>
            uplbl<br>
            reading  60 'qdiffxas: qdiffxs4 with an improved surfacing
            routine       '<br>
            morelabels<br>
            reading  72
'\x00\x00\x00\x00\x04\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00hQPBhQPBhQPB\x00\x00\xb4B\x00\x00\xb4B\x00\x00\xb4B\xe65\t\xbf\xf9\xe0N?\xbc-\xb0\xbe\x00\x00\x80?\x93\xe9\xdb\xbe\x15"j?F\x00\x00\x00F\x00\x00\x00F\x00\x00\x00'<br>
            skip<br>
            reading  284 ''<br>
            botlbl<br>
            reading  284
            "\xffE\x819\xf2\x8c\x8e9o\xe0\x9c9\x18I\xac9\xbf\xcd\xbc9pr\xce9\x069\xe19\xc3\x1f\xf59\xb0\x10\x05:I\x1a\x10:\x98\xa5\x1b:$\xa9':\x91\x184:\xfe\xe4@:\x18\xfcM:\xc8H[:\x14\xb3h:^\x1fv:\xf0\xb7\x81:\xebA\x88:\x0b\x9c\x8e:\xfc\xb3\x94:\x7fv\x9a:1\xd0\x9f:n\xad\xa4:\xf5\xfa\xa8:g\xa6\xac:s\x9e\xaf:/\xd3\xb1:\x067\xb3:\x8f\xbe\xb3:\x02a\xb3:\xf8\x18\xb2:\xeb\xe3\xaf:\xe4\xc2\xac:\x9d\xba\xa8:\xf5\xd2\xa3:+\x17\x9e:\x0b\x96\x97:\xd6`\x90:\xb0\x8b\x88:\xa5,\x80:\xa4\xb6n:\x8da\\:\xe8\x8cI:|l6:72#:5\x0f\x10:Ec\xfa9|\x89\xd59\x99\xde\xb19\xdc\xa7\x8f9xB^9^\xf8

            9m\x81\xcf8\x8c[K8\\\xb3\x186\x17\x19&\xb8U\xc0\xa1\xb8ul\xe7\xb8\xe9
\x12\xb9\xa3E,\xb9\xc3SB\xb9\x94\x82T\xb9\xa5\x0fc\xb9\xb5=n\xb9\x01Rv\xb9\x12\x94{\xb9^K~\xb9\xc7\xbe~\xb9\xf32}\xb9"<br>
            params<br>
            reading  284
'V\xa8\x8a9\x90\x19\x999?\xb5\xa89\x8e\x85\xb99\xd1\x92\xcb9\xd0\xe2\xde9Ox\xf39S\xa9\x04:\x846\x10:\x00_\x1c:\x81\x1b):\x0fb6:h%D:QUR:\xfb\xdd`:\x02\xa8o:\xb3\x98~:\xe9\xc8\x86:\xdb8\x8e:\xf3\x89\x95:c\xa8\x9c:h\x7f\xa3:n\xf9\xa9:8\x00\xb0:\x96}\xb5:\x8c[\xba:\x04\x85\xbe:\x01\xe6\xc1:ll\xc4:\x94\x08\xc6:!\xad\xc6:\x00P\xc6:\xc1\xea\xc4:Gz\xc2:\xc5\xff\xbe:I\x80\xba:\xb3\x04\xb5:\x18\x9a\xae:\x15Q\xa7:c=\x9f:\xc6u\x96:\xba\x13\x8d:\x1a2\x83:\xf4\xdaq:\xcd\xc5\\:\xf6^G:G\xe01:\xce\x80\x1c:\x12u\x07:\xac\xda\xe59\x9d+\xbe9\xad)\x989\x0e0h9\x92Z$9BR\xca8Ss+8}"&\xb7)\xf8i\xb8\xc5\xeb\xca\xb8\xaeY\x0b\xb9,I,\xb9\x87pH\xb9y\x08`\xb9\x0bQs\xb9`I\x81\xb9.\r\x87\xb9\x87\x1b\x8b\xb9"\x9d\x8d\xb9\xb8\xba\x8e\xb9\t\x9c\x8e\xb9Fh\x8d\xb9'<br>
            Error reading file mmp92.phi, format delphi<br>
            Parameter record size 284 must be 16 or 20 or 36<br>
            <br>
            <br>
            <blockquote type="cite">
              <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color:
                rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
                <div style="">Hi Tom,<br>
                  <br>
                  Thanks for getting back. I have attached the .phi file
                  (mmp92.phi) as well as the reply log file (phi bug).<br>
                  <br>
                  Incidentally, I am also unable to run Delphi through
                  Chimera using the DelphiController (though the Delphi
                  executable runs fine by itself). I recently submitted
                  a report regarding this with the reply log attached,
                  but the attachment probably didn't make it through. I
                  am also attaching this log file, named "bug".<br>
                  <br>
                  Thanks again.<br>
                  Regards,<br>
                  Nitesh.<br>
                </div>
                <div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0,
                  0, 0); font-size: 16px;">
                  <hr tabindex="-1">
                  <div id="divRpF584702" style="direction: ltr;"><font
                      color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b>
                      Tom Goddard
                      <br>
                      <b>Sent:</b> Tuesday, September 21, 2010 1:54 PM<br>
                      <b>To:</b> Nitesh Sule<br>
                      <b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Problem:
                      Electrostatic surface coloring<br>
                    </font><br>
                  </div>
                  <div>Hi Nitesh,<br>
                    <br>
                      Turns out our report-a-bug system is not handling
                    file attachments properly due to some problem with
                    our bug tracking server.  So email the *.phi file
                    directly to me.<br>
                    <br>
                        Tom<br>
                    <blockquote type="cite">
                      <style type="text/css" id="owaParaStyle">
<!--
body
        {direction:ltr;
        font-family:Tahoma;
        color:#000000;
        font-size:13px}
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
BODY {direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 13px;}P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
                      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma;
                        color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
                        <div style=""> Hi,</div>
                        <div style=""><br>
                        </div>
                        <div style="">I am having trouble getting
                          chimera to open .phi files, with the following
                          reply: </div>
                        <div style="">"Error reading file xyz.phi,
                          format delphi</div>
                        <div style="">Parameter record size 284 must be
                          16 or 20 or 36"</div>
                        <div style=""><br>
                        </div>
                        <div style="">The .phi file was generated using
                          delphi, and works fine when opened with
                          Grasp2. </div>
                        <div style="">Can someone please help me with
                          this? </div>
                        <div style=""><br>
                        </div>
                        <div style="">On a slightly related note, I am
                          also unable to use the delphi controller in
                          Chimera, with the message:</div>
                        <div style="">"Delphi exited with
                          status -1073741794". I am not sure if this is
                          a bug. I can provide more details from the
                          log.</div>
                        <div style=""><br>
                        </div>
                        <div style="">Chimera version: 1.4.1 (build
                          29977)</div>
                        <div style=""><br>
                        </div>
                        <div style="">Thanks</div>
                        <div style="">Nitesh.</div>
                      </div>
                      <br>
                    </blockquote>
                    <br>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>