Hi Elaine,<br><br>Thank you for your prompt and appropriate reply.<br><br>Cheers,<br><br>Charbel<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 22, 2010 at 7:46 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi R,<br>
Amino acids can be mutated with command "swapaa" or the Rotamers graphical interface (allows interactively choosing rotamers of the same or a different amino acid)<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a>><br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/rotamers.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/rotamers.html</a>><br>
<br>
If you were searching the <a href="mailto:chimera-user@cgl.ucsf.edu">chimera-user@cgl.ucsf.edu</a> archive, you could find a handful of relevant messages with "mutation":<br>
<<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/cgi-bin/swish-chimera-users.cgi?sort=swishrank&query=mutation&submit=Search+chimera-users+archive" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/cgi-bin/swish-chimera-users.cgi?sort=swishrank&query=mutation&submit=Search+chimera-users+archive</a>><br>

<br>
If you were using the documentation search box, Rotamers and swapaa could be found with the term "mutated" but not mutation/mutagenesis.  There are various other routes through the documentation, such as from the page on modifying data or the structure analysis and comparison tutorial.<br>

<br>
Oh, and nucleic acids can be mutated with the command "swapna"<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapna.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapna.html</a>><br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Sep 22, 2010, at 9:45 AM, r charbel maroun wrote:<br>
<br>
> Dear Chimera users,<br>
><br>
> Please correct me if I'm wrong, but neither in Chimera nor in the user's list did I find any info on mutating a residue. Is this a missing functionality ?<br>
><br>
> Greetings<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>R. Charbel MAROUN, PhD, HDR<br>Neurobiologie et Pharmacologie<br>Moléculaire<br>Centre de Psychiatrie et de <br>Neurosciences Broca-Sainte Anne<br>(INSERM U894)<br>
2ter rue d'Alésia<br>75014 Paris<br>FRANCE<br>Tél. +33 1 40 78 92 77<br>Fax +33 1 45 80 72 93<br>e-mail <a href="mailto:rmaroun@gmail.com">rmaroun@gmail.com</a><br>          <a href="mailto:charbel.maroun@inserm.fr">charbel.maroun@inserm.fr</a><br>