<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    As I told to Elaine, <br>
    i know the problem about  pdb file, for me is not a problem
    reordering it. Nevertheless, the problem remains: using amber
    topology I don't see a continue ribbon.<br>
    I'll wait for the fixing of this bug.<br>
    <br>
    Thanks for your help<br>
    <br>
    <br>
    Il 23/09/2010 21:47, Eric Pettersen ha scritto:
    <blockquote
      cite="mid:FE5827F7-62A7-4C93-894D-725BBF3A642F@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <div>
        <div>Hi Francesco,</div>
        <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>As
          Elaine mentions, as per the PDB standard the chain
          connectivity of standard residues (i.e. residues in ATOM
          records) is implied by their order in the file, barring TER
          records between the residues.  This is why Chimera is
          producing those longs bonds.  For example, your file has
          residues 300 and 301 one after the other in the PDB file
          without a TER card, so Chimera connects them despite them
          being >50A apart.  What you really need to do is reorder
          the file so that it is in connectivity order.</div>
        <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>Also,
          the file was seemingly made by trjconv, which AFAIK is a
          program for converting Gromacs trajectories to PDB format.  I
          thought you were using an Amber trajectory.  Why aren't you
          using ambpdb, which directly converts Amber trajectories to
          PDB files?</div>
        <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span>Lastly,
          trjconv is doing a bad job with justification of hydrogen
          names in the 4 columns alloted to the atom name.  It does well
          with some names, like "1H2*" and " H3*" (so Chimera can deduce
          the element type from the first two columns) but then outputs
          some stinkers like " 1H7" and " 2H7".  Sigh.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>--Eric</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div style="margin: 0px; font-size: 16px;"><font style="font:
              16px Helvetica;" size="5" face="Helvetica">              
                       Eric Pettersen</font></div>
          <div style="margin: 0px; font-size: 16px;"><font style="font:
              16px Helvetica;" size="5" face="Helvetica">               
                      UCSF Computer Graphics Lab</font></div>
          <div style="margin: 0px; font-size: 16px;"><font style="font:
              16px Helvetica;" size="5" face="Helvetica">             
                        <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div>
        </div>
        <div style="margin: 0px; font-size: 16px;"><font style="font:
            16px Helvetica;" size="5" face="Helvetica"><br>
          </font></div>
        <div>On Sep 23, 2010, at 11:31 AM, Elaine Meng wrote:</div>
        <br class="Apple-interchange-newline">
        <blockquote type="cite">
          <div>Hi Francesco,<br>
            Wow, this is a very pretty structure!  However, the PDB
            looks somewhat messed up.  Perhaps using the AMBER files
            solves most of these problems.<br>
            <br>
            In PDB format, I believe the biopolymer (nucleic acid or
            protein) residues are connected by their order in the file,
            unless a break is enforced with TER.  However, the order in
            this PDB file seems to be quite different than what it
            should be, for the correct connectivity.  Residue 75 is very
            far from 76, 150 is very far from 151, etc. every 75
            positions.  I tried just putting TER after every 75
            residues, which does eliminate the very long bonds.
             However, it seems like there may be other bonds that are
            supposed to be there that are not, and it would be necessary
            to do a lot of reorganization and renumbering of residues in
            this file to get the correct connectivity.  For example, it
            looks like maybe 76 is really supposed to be connected to
            150, 75 is really supposed to be connected to 1, etc.<br>
            <br>
            If there were correct ordering in the PDB file (and maybe
            this is already true for when you use the AMBER files as
            input), the Chimera limitation would give you just one break
            in each circular strand.  If this DNA is all one big
            circular strand, there should be only one break in the
            ribbon. <br>
            Best,<br>
            Elaine<br>
            ----------<br>
            Elaine C. Meng, Ph.D. <br>
            UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
            Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
            University of California, San Francisco<br>
            <br>
            <br>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            Chimera-users mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span"
          style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color:
          rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px;
          font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal;
          letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px;
          text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows:
          2; word-spacing: 0px;">
          <div style="word-wrap: break-word;"><span
              class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br>
            </span><br class="Apple-interchange-newline">
          </div>
        </span> </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>