
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Francesco,<div>Tim is totally right -- I just wanted to add that besides the "swapaa" command, there is also a graphical interface, the "Rotamers" tool, if you want to pick the sidechain conformation interactively.</div><div><br></div><div><<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a>></div><div><<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html</a>></div><div><br></div><div>Elaine<br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div><div>----------</div><div>Elaine C. Meng, Ph.D. </div><div>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab</div><div>Department of Pharmaceutical Chemistry</div><div>University of California, San Francisco</div><div><br></div></div></span></div><div><div>On Sep 19, 2010, at 1:04 PM, Tim Travers wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hello Francesco,<div><br></div><div>If you want to mutate a residue, you can try the swapaa command:</div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a></div>

<div><br></div><div>For instance:</div><div>swapaa val #0:12.a lib Dunbrack preserve true</div><div><br></div><div>where val is the target mutation, #0 gives the model number of the peptide</div><div>in Chimera, 12.a says to make the mutation on residue position 12 of chain a,</div>

<div>lib Dunbrack tells to use the Dunbrack rotamer library, and preserve true tries</div><div>to keep the rotamer of the mutation close to the original one.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Tim</div><div><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 19, 2010 at 1:43 PM, Francesco Pietra <span dir="ltr"><<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; ">Hello:<br>

New to modify structure. I would like to modify a peptide by changing<br>

ARG to VAL. As I wanted to start from the conformer containing ARG, I<br>

tried to delete bonds, in the hope to finally change one H to CH3.<br>

None worked in my hands.<br>

Thanks for suggestions.<br></blockquote></div></div></blockquote></div><br></div></body></html>