Hello Francesco,<div><br></div><div>If you want to mutate a residue, you can try the swapaa command:</div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a></div>
<div><br></div><div>For instance:</div><div>swapaa val #0:12.a lib Dunbrack preserve true</div><div><br></div><div>where val is the target mutation, #0 gives the model number of the peptide</div><div>in Chimera, 12.a says to make the mutation on residue position 12 of chain a,</div>
<div>lib Dunbrack tells to use the Dunbrack rotamer library, and preserve true tries</div><div>to keep the rotamer of the mutation close to the original one.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Tim</div><div>
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html"></a><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 19, 2010 at 1:43 PM, Francesco Pietra <span dir="ltr"><<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hello:<br>
New to modify structure. I would like to modify a peptide by changing<br>
ARG to VAL. As I wanted to start from the conformer containing ARG, I<br>
tried to delete bonds, in the hope to finally change one H to CH3.<br>
None worked in my hands.<br>
Thanks for suggestions.<br>
<font color="#888888"><br>
francesco pietra<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</font></blockquote></div><br></div>