Hello John,<div><br></div><div>What I did to configure Chimera on my Linux box was to go into Favorites->Preferences.</div><div>In the window that opens, choose New Molecules from the drop-down box Category. You</div><div>
can then play with the options there; for what you need, I guess set ribbon display off,</div><div>atom style as ball, bond style as stick. And maybe also turn off the smart initial display.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div>
<div>Tim</div><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 12, 2010 at 11:21 AM, Beale, John <span dir="ltr"><<a href="mailto:John.Beale@stlcop.edu">John.Beale@stlcop.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div bgcolor="white" background="?ui=2&ik=a3a10f3bf5&view=att&th=12a66e5af354ae62&attid=0.0.1&disp=emb&zw" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><img src="cid:image001.jpg@01CB3A08.010A4230" width="0" height="0" style="width:0;min-height:0"><div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">I have a new installation of Chimera on a Linux box. I am working with a protein/nucleic acid complex. When I start the program with “chimera file.pdb” the ribbon representation of the structure is shown. Also, a plank representation of the nucleic acid is shown.  I have to hide the ribbon and select “Actions -> Atoms/Bonds -> Show” to see the atoms. Can someone tell me how to change the startup options so that the ribbon and planks are not automatically generated and that the atoms/bonds are shown by default?</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">Thanks!</span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt">John</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p><div><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">John M. Beale, Jr., Ph.D.</span></b></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">Professor of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy</span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">Saint Louis College of Pharmacy</span></b></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">4588 Parkview Place</span></b></p><p class="MsoNormal">
<b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">Saint Louis, Missouri  63110</span></b></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">314-446-8461</span></b></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">Cell: 314-315-0409</span></b></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;color:#C00000">FAX: 314-446-8460</span></b></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt"><a href="mailto:jbeale@stlcop.edu" target="_blank">jbeale@stlcop.edu</a></span></b></p>
</div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt"> </span></p></div></div><br>_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>