
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Question about match</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Dear Chimera developers,<BR>

<BR>

 I have a question related to the “match” command.<BR>

I wanted to align 4 related proteins and I used the default in the match menu.<BR>

The alignment is fine; but I have a question about the output in the reply log.<BR>

In the log it says:<BR>

 “evaluating superpositions across all 439 fully populated columns in the final alignment”<BR>

 Then the pair-wise RMSD between the different pairs (range from 0.7 – 1.6 A) are given.<BR>

<BR>

  What is meant by 439 fully populated columns? Does it mean 439 C-alpha atoms for those amino acids in the fully occupied aligned columns? <BR>

I’m asking because I want to report these values of RMSD and I want to be more specific and state the number of atoms over which the RMSD value is being reported.<BR>

<BR>

P.S. The proteins vary in their length (461,462,460 and 470).<BR>

<BR>

  Thanks for your reply in advance,<BR>

<BR>

 Ibrahim </SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>