<span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">Hi,</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">Here is a question raised by a colleague on the ccp4 bulletin board. Since Chimera was mentioned in his post I thought you guys might have an answer to his question (positive or negative), hence I'm posting his message here.</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">    Cheers,</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">                 Boaz</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span></div>Hello,</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">I am working on a protein whose EM model has been built long time ago.</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">The crystal structure has been solved recently and I want to know the</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">difference between the crystal structure and  EM model. Unfortunately</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">there is no data in the EM data base, so I can not use Chimera or Phaser</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">to fit the crystal structure into the EM electron density directly. My</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">friend downloaded  the VRML file of the EM model ,which can be viewed</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">using Cosmo player. And I can make VRML file from my crystal structure</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">using Pymol or Chimera. My questions is:  can I superpose two VRML files</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "> </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">which come from EM and crystal models? If so, how can I do that?</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">Thanks in advance!</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">Best wishes</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'; font-size: 11.8056px; ">leo</span><BR><BR>Boaz Shaanan, Ph.D.<br>Dept. of Life Sciences<br>Ben-Gurion University of the Negev<br>Beer-Sheva 84105<br>Israel<br>Phone: 972-8-647-2220 ; Fax: 646-1710<br>Skype: boaz.shaanan</BR></BR>‎