
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Coloring model represented as PipesAndPlanks</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Dear Chimera team,<BR>

<BR>

  I have a problem with coloring different regions of the protein presented as PipesAndPlanks. I know I can change the colors of the SS elements from the menu of PipesAndPlanks.<BR>

But, this is not what I want: I want to color different regions of the protein with different colors and not to be limited with the colors given to the SS.<BR>

<BR>

  Before, I had no problem in doing so. I think this problem appeared in the recent updates.<BR>

Something I noticed and could be related is that to change the presentation from the default chimera to PipesAndPlanks the new presentation assigned the same model# as the original model. I think, in previous versions the new presentation used to be given a new model#. Similarly, if I want to create a map for the model using (molmap) it is given the same model # rather than a new model# as used to be.<BR>

<BR>

  I run Chimera version 1.4.1 (build 30282) on a Mac OSX 10.4 (PPC).  <BR>

<BR>

<BR>

 Thanks for help.<BR>

<BR>

 Ibrahim<BR>

<BR>

<BR>

-- <BR>

<HR ALIGN=CENTER SIZE="3" WIDTH="95%">Ibrahim M. Moustafa, Ph.D.<BR>

Biochemistry and Molecular Biology Dept.<BR>

201 Althouse Lab., University Park,<BR>

Pennsylvania State University<BR>

PA 16802<BR>

<BR>

Tel. (814) 863-8703<BR>

Fax (814) 865-7927<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>