Hi Elaine,<br><br>I need to convert a large number of PubChem SDF files into Mol2 format.  When I convert an SDF file into Mol2 format, I add partial charges and run energy minimisation on the molecule, as this is necessary for the program I am inputting the files into.  So far, I have only used Chimera in this method to convert individual files.  Is there a way to convert a large number of SDF files to Mol2 format at once, and also preserve the filenames?<br>
<br>Thanks in advance,<br><br>Nancy<br><br><br><br>