<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi everybody,

<br>

<br>

I am trying to get a list of all hydrogen atoms within certain distance

from a specific atom. I found an old thread suggesting using findclash

for that. When I use:

<br>

findclash #0.265:4@c  overlap -8 hbond 0 ignoreIntraRes false log true

bondSeparation 0

<br>

everything works fine and I get the list of all the atoms within the

desired distance limits. However, I get all types of atoms.

<br>

To select only for contacts to hydrogens, I have tried to add the

"test" option but when I type:

<br>

findclash #0.265:4@c  overlap -8 hbond 0 ignoreIntraRes false log true

bondSeparation 0 test @H

<br>

the procedure does not report on any contacts. Am I misunderstanding

the syntax? What is the way to get only the distances between :4@c and

all hydrogens within ~10A?

<br>

<br>

Moreover, I am ultimately interested in the sum of all reported

distances (or more specifically sum of (1/r)<sup class="moz-txt-sup">6</sup>

where r is the distance). Is there simple way to get this value

calculated in Chimera (e.g. simple script)? Unfortunately, I have no

idea about Python coding, so right now I have to import the list to

Excel and calculate what I need in there (which is fine for a few atoms

but slightly tedious  when you have to check several hundred of

them...). Any help would be appreciated.

<br>

<br>

Thanks,

<br>

Józef

<br>

</body>

</html>