Dear All,<br><br>I have a question regarding the contact interactions between a protein-ligand complex.<br><br>I can retrieve the contacts by the findclash command in --nogui mode as below:<br>chimera --nogui protligcomplex.pdb <a href="http://clash.com">clash.com</a><br>
<br>and similarly I can find the hbonds.<br><br>The output I am getting is as below:<br>--------------------------------------------------------------------------------<br>32 contacts<br>atom1  atom2  overlap  distance<br>
LIG 1 H    ALA 265.A O     1.045  1.435<br>LIG 1 O    ALA 265.A O     0.550  2.430<br>LIG 1 N   GLU 169.A OE2   0.439  2.666<br>LIG 1 H  GLU 169.A CD    0.116  2.584<br>LIG 1 O   ASN 253.A 1HD2  0.094  2.386<br>LIG 1 H    ALA 265.A C     0.090  2.610<br>
LIG 1 C    ALA 265.A O     0.059  3.121<br>LIG 1 N   ASN 253.A OD1   -0.037  3.142<br>LIG 1 C    ALA 265.A O     -0.039  3.219<br>LIG 1 N   GLU 169.A HG3   -0.072  2.697<br>LIG 1 C   PHE 168.A HB2   -0.081  2.781<br>LIG 1 N   GLU 169.A CG    -0.113  3.438<br>
LIG 1 N   GLU 169.A CD    -0.125  3.450<br>LIG 1 N   GLU 169.A CD    -0.128  3.453<br>LIG 1 C    MET 270.A HG2   -0.140  2.840<br>LIG 1 N   PHE 168.A CD2   -0.163  3.488<br>.......... .... ... .. .<br>--------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>Now I want to further classify these contact interactions into more other types:<br>Aromatic and Ionic (anion < - > cation).<br>Is there any way in Chimera to achieve this?<br>Or if I want to do it with some scripting, which atoms I would say are involved in ionic<br>
and aromatic interactions considering the distance value as well?<br>I would be very much grateful if someone suggest me a way to do this.<br><br>Thanks,<br><br>Best regards,<br><br>--<br>Shahid.<br><br>