Hello,<br><br>I am planning to run a docking simulation in a different program, and I need to have a "reference ligand" included in the PDB file.  The particular PDB I am working on does not have a ligand included.  So I am trying to position one using Chimera.<br>
<br>I started with the protein file and a ligand file (ligand is in .mol2 format).  I loaded both into Chimera, and I correctly positioned the ligand relative to the PDB.  I then saved both using File -> Save PDB...  I choose to save the file relative to the protein, and I select "save multiple models: in a single file".  However, when I load the file into the docking program, it does not show the ligand.  Additionally, there are a few structural errors in the output PDB file.<br>
<br>Please advise.<br><br>Thanks,<br><br>Nancy<br><br><br><br><br>