I am trying to create a figure that encloses three residues in a protein in one surface and the rest of the protein in another.  I put the three residues into one group using surfcat and the rest of the protein in another.<div>


<br></div><div>When I try adjust the surface transparency, the three-residue surface all but disappears.  If I set transparency to 0%, I appears normal.  If I increase it even to just 1%, it almost completely disappears.  It looks like wherever this three-residue surface is inside the protein surface, it only shows if the transparency of three-residue is set to 0%.  All this is with the protein surface set to 50%.  I'm not sure whether this list accepts attachments, but I put in screen shots of what it looks like.</div>


<div><br></div><div>marcus</div><div><br></div>