<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">In the daily build the Rotamers tool will now allow you to add multiple rotamers to a residue, using alt locs to distinguish them.<div><br></div><div>--Eric</div><br><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        <a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br class="Apple-interchange-newline"></div></span></div><div><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Times; "><pre>On Dec 6, 2008, at 9:35 AM, <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">daniel.hilger at lrz.uni-muenchen.de</a> wrote:

><i>

</i>><i> I´m really sorry for my imprecise question. I will concretize it. I  

</i>><i> know

</i>><i> the rotamer tool, but I don´t want to replace only one rotamer into

</i>><i> another. I will have them all in the structure and in the according

</i>><i> pdb-file. With the rotamer tool, it is only allowed to choose one  

</i>><i> rotamer

</i>><i> out of the rotamer list before clicking "Apply". This is my problem,  

</i>><i> and I

</i>><i> didn´t found an appropriate answer in the manual and help menu.

</i>

Hi Daniel,

I'm sorry for misunderstanding -

It's true that Apply only puts one copy in the structure, but if you  

don't Apply and simply keep the Rotamer list dialog and choose all of  

its lines, that displays all of the rotamers at the same time.  Maybe  

that would allow you to do what you want. The Rotamer list dialog  

allows calculating clashes and H-bonds, plus selecting the rotamer  

atoms so you can control their appearance with the Actions menu.

The issue is that the structure can't have multiple indistinguishable  

atoms (with the same name and residue number).  We have talked about  

allowing multiple rotamers to be applied to the structure by giving  

them different "alternate location" ID codes, but that has not been  

implemented yet.  Also, some residues may have more rotamers than the  

number of possible alternate location ID codes.  Nevertheless we will  

make sure it is on one of our requested features lists.

So currently you can't save PDB with multiple rotamers, but you can  

save/restore the session in the state where all of the rotamers are  

displayed.

I hope this helps,

Elaine

</pre></span></blockquote><div><font class="Apple-style-span" color="#0000DE" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="white-space: pre;"><br></span></font></div></div></body></html>