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Thanks Elaine for the speedy and thorough response, I will try it as soon as possible. Bren.<BR> <BR>> From: meng@cgl.ucsf.edu<BR>> To: brennal1@msn.com<BR>> Subject: Re: [Chimera-users] fusion proteins<BR>> Date: Tue, 28 Jul 2009 10:10:28 -0700<BR>> CC: chimera-users@cgl.ucsf.edu<BR>> <BR>> Hi Bren,<BR>> You can create bonds, but only within a single model, so before adding <BR>> the bond you could use the "combine" command, or in the Model Panel, <BR>> the "copy/combine" function to combine two models. Then the bond can <BR>> be added with the "bond" command or the "Build Structure" tool.<BR>> <BR>> However, there is nothing in this process to prevent you from creating <BR>> something completely ridiculous (physically unreasonable). Chimera <BR>> will not change the relative positions of the structures when you add <BR>> the bond, so *before* combining the models you would need to generate <BR>> the desired position of one structure relative to the other.<BR>> <BR>> There is a little more detail and some links to the documentation in <BR>> this previous post:<BR>> <http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-November/003255.html <BR>> ><BR>> <BR>> I hope this helps,<BR>> Elaine<BR>> -----<BR>> Elaine C. Meng, Ph.D.<BR>> UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<BR>> Department of Pharmaceutical Chemistry<BR>> University of California, San Francisco<BR>> http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html<BR>> <BR>> On Jul 27, 2009, at 6:06 PM, Brennal Pierre wrote:<BR>> <BR>> > Hi, I would like to know if it possible to create fusion proteins by <BR>> > merging two pdb files, or if it is possible in any other way, thanks <BR>> > Bren.<BR>> <BR><br /><hr />NEW mobile Hotmail. Optimized for YOUR phone. <a href='http://windowslive.com/Mobile?ocid=TXT_TAGLM_WL_CS_MB_new_hotmail_072009' target='_new'>Click here.</a></body>

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