<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Hi <br>I wanted to optimize the geometry of small molecule by minimization for docking. <br><br>I have not seen any option in chimera but even I did tried with the small molecule I have as nonstandard aminoacid, but it give me error mmtrk could not Cu atom type.<br><br>Is it any small script or through chimera I could able to optimize the small molecule?<br>thanks<br><br><font style="font-style: italic; font-family: times new roman,new york,times,serif;" size="3"><span style="color: rgb(0, 0, 191);">Kabaleeswaran Venkataraman<br><br></span></font><span style="color: rgb(255, 0, 127);">-----------<span style="color: rgb(255, 64, 159);">---------------------------------------------------</span></span><br><span style="color: rgb(255, 0, 127);">Arise, Awake and stop not until goal is Reached </span><br style="color: rgb(255, 0, 127);"><span style="color:
 rgb(128, 128, 255);"><span style="color: rgb(255, 0, 127);">                                      - Swami Vivekananda</span><br><span style="color: rgb(255, 64, 159);">--------------------------------------------------------------</span><br></span></td></tr></table><br>