<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><tt class="letterText">Hi Elaine<br>
<br>Got the wrong email in extension in the previous email request. Please ignore it. Here is the problem- <br><br>
In continuation of the process (mentioned below) I have generated the
helix that needs to be added. However it seems that the helix needs to
be flexed in some points to get a better fit. Can yo let me know how do
that?<br>
<br>
Thanks<br>
Andy<br>
<br><br></tt><tt class="letterText">Hi Andy,<br>
There are two main possibilities:<br>
<br>
(1) With the "addaa" command you can build out from the C-term of a  <br>
protein, residue by residue.<br>
<<a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/addaa.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/midas/addaa.html</a> <br>
 ><br>
<br>
(2) With the "Build Structure" tool you can create a peptide that is  <br>
not attached to anything, then move it to a reasonable position and  <br>
combine it with the existing protein.<br>
<<a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/editing/editing.html</a> <br>
 ><br>
<br>
The moving/combining part of #2 can be rather difficult, so if it is a  <br>
C-terminal truncation, definitely #1 is the way to go.<br>
For example, if the last residue in the structure is 309 in chain A of  <br>
model #0, you could use commands like:<br>
<br>
addaa ala,310,alpha #0:309.a<br>
addaa lys,311,alpha #0:310.a<br>
addaa thr,312,alpha #0:311.a<br>
    ... etc. ...<br>
<br>
If you need to extend the N-terminal end, however, approach #2 is the  <br>
only choice.  In Build Structure (under Tools... Structure Editing),  <br>
go to the "Add Atoms" tab and choose the "peptide sequence" option.   <br>
There you would just enter the sequence in one-letter amino acid  <br>
codes, specify alpha-helix backbone angles, indicate the new atoms  <br>
should be put in a "new model" and click Add.  You don't want to put  <br>
the helix in the same model as the protein because then you will not  <br>
be able to move them separately.<br>
<br>
Then get the helix into position by activating/deactivating models and  <br>
using the mouse (deactivating a model freezes it so that only the  <br>
other models move with the mouse).  Getting a reasonable position is  <br>
nontrivial, unfortunately. Besides moving things interactively with  <br>
the mouse, another possibility is to build enough atoms to overlap  <br>
part of the protein structure and then match those overlapping parts,  <br>
such as with the "match" command.<br>
<br>
Once the helix is in a reasonable position relative to the protein,  <br>
you could combine the models into one model and then add a bond.  If  <br>
there were overlapping atoms, you would first need to delete the  <br>
duplicate atoms.  Perhaps you only need a rough representation, and in  <br>
that case do not need to combine and bond the structures.<br>
<br>
See these previous posts for details on how to do the combining and  <br>
bonding:<br>
<<a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-November/003255.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-November/003255.html</a> <br>
 ><br>
<<a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-October/003238.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-October/003238.html</a> <br>
 ><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                          meng@cgl.ucsf.edu<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
                      <a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html</a><br>
<br>
On Nov 18, 2008, at 12:55 PM, Anindito Sen wrote:<br>
<br>
> Dear All<br>
> I was wondering if there is any tool by which can generate an alpha  <br>
> helix, as an extension of a truncated crystal structure docked in  <br>
> the density map. The possibility of the truncated portion of the  <br>
> protein behaving as an alpha helix has been predicted by different  <br>
> groups. The density map shows some empty regions (after the crystal  <br>
> structure has been docked) just good enough for an alpha helix to  <br>
> fit in.<br>
> Best<br>
> Andy<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<a href="https://cms.mail.virginia.edu/Redirect/www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></tt><br><tt class="letterText"><br><br>
<br>
<br>
</tt><br>Dr. Anindito Sen (Ph.D) Research Associate , Dept. of Biochemistry and Molecular Genetics University of Virginia Box 800733 Charlottesville, VA 22908<br></td></tr></table><br>