<div dir="ltr">Hi, dear folks,<br><br>I want to evaluate the docking performance by calculating the RMSD of heavy atoms between ligand crystal conformation and docked conformation.<br>I use the following command:<br><br>rmsd #0:1.het & ~element.H #1:1.het & ~element.H<br>
<br>But Chimera seems to forget the correct order and give a pairwise alignment not the way I want .<br>I wonder if there is a way that I can get the correct selection order so as to calculate RMSD.<br>Best<br clear="all">
<br>-- <br>Chao Wu<br><br>Currently:<br>National Institute of Biological Sciences, Beijing<br>Huang Niu's Lab<br><a href="http://www.nibs.ac.cn/" target="_blank">http://www.nibs.ac.cn/</a><br>Tel: 80726688-8572<br>
Address: Beijing ZhongGuanCun Life Science Park, NO.7 Science Park East Road, NIBS B427<br>Postcode: 102206<br>
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