<div dir="ltr">Thanks guys!,<br>   What you're saying makes a lot of sense actually. Now that you mention it, I am sure both surfaces are being measured. This is the fattest (closed) particle I have, thus, it makes sense that the interior surface was measured for that one but not the others. I'll definitely try out the "Measure and Color Blobs" and "Area/Volume from the web." Thanks again!<br>
<br>~Patrick<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 14, 2008 at 10:42 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Patrick,<br>
I'm having trouble getting a surface on that structure in the first place, but setting that issue aside...<br>
<br>
I guess you are using "Measure Volume and Area" since "Area/Volume from Web" does not have an option for probe radius 2.0.  As discussed on the "Measure Volume and Area" man page,<br>
<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/measurevol/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/measurevol/</a>measurevol.html><br>
<br>
this tool calculates the volume and area directly from the triangulated surface, not analytically.  However, the surface area values reported in the Reply Log as soon as you show a molecular surface are analytical, so use those, assuming you are able to successfully generate a surface.<br>


<br>
I can think of a couple possible explanations for nonintuitive results:<br>
(a) there is more than one surface component (disconnected blob) and "Measure Volume and Area" includes the total of both.  Maybe with one probe size it also calculates the inside surface, with the other it does not.  To make sure you are only measuring one component, use "Measure and Color Blobs" instead.<br>


<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/pickblobs/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/pickblobs/</a>pickblobs.html><br>
(b) the surface calculation failed (maybe high symmetry makes this more likely?) and the triangulation was incomplete or artifactual.  Seems like this would be visible, however.<br>
<br>
Voronoi volume is a totally different thing than surface-enclosed volume.  Each atom is partitioned into a cell, essentially, and the surface atoms have infinite Voronoi volumes because there are no neighbors in the outside direction to bound their cells.  That being said, you can use "Area/Volume from Web" to calculate atomic Voronoi volumes. I think it reports -1 for the infinite volumes. You might also want to try calculating surface areas with that tool.  There are a few different allowed probe radii, but 2.0 is not one of the choices.<br>


<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/surfvol/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/surfvol/</a>surfvol.html><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                          <a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a><br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
                     <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>My office glows all night long<br>it's a nuclear show and the stars are gone<br>Elevator, elevator, take me home<br>
</div>