
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7652.24">

<TITLE>origin of sphere in MDmovie</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hey Chimera-folks,<BR>

<BR>

I've got a nice movie with morph conformations, and then wrote a script that goes along with it that generates tranparent multiscale models (molmap) and displays a ligand with solid atom spheres for each frame in the movie.  But I'd like to make a sphere that tracks along with the domain movement - it can't be transparent because the model is transparent already. The shape command looks like it can do this, make a sphere with a specified radius in mesh, but I can't figure out how to specify the origin according to a particular atom's coordinates, and then script it so that it tracks with the conformational changes in the movie.  And it would be really cumbersome to write a bild file for each of the ~200 frames in the movie.<BR>

<BR>

I'm guessing something like "getcrd" will get the coordinates that I'd like to use for the origin but "shape sphere" doesn't allow me to specify origin.<BR>

<BR>

Alternatively I could render the atom I'm tracking as a radius 25 sphere, but am unable to display an atom as mesh.<BR>

<BR>

Can you point me in the right direction?<BR>

<BR>

Thanks,<BR>

Ed Brignole<BR>

Asturias Lab<BR>

The Scripps Research Institute</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>