That's a good question...<br>In a first approximation you could assume that all atoms not classified as acceptors/donors of protons would be hydrophobic. This is essentially carbons. If you represent the surface of the molecule colored by elements you should see these pockets.<br>

<br>More sophisticated approaches include the program GRID (<a href="http://www.moldiscovery.com/soft_grid.php" target="_blank">http://www.moldiscovery.com/soft_grid.php</a>) to compute the hydrophobic potential (Goodford, P.J., A computational procedure for determining
energetically favourable binding sites on biologically important
macromolecules. <i>J. Med. Chem. </i><b>28</b>, 849-57.)<br><br>Unfortunately, GRID is not free, not even for academics (though there is a special price for the license). Anyway, I think it would be nice if chimera could map the hydrophobic potential maps onto molecular surfaces.<br>
<br>Best,<br><br><br>Miguel<br><br><div class="gmail_quote">2008/6/27 bala <<a href="mailto:bala@igib.res.in" target="_blank">bala@igib.res.in</a>>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><div><font color="#000000" face="Arial" size="2">Dear Chimerian's,</font></div>
<div><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2">How do i detect hydrophobic pockets in a 
protein using chimera ?. </font></div>
<div><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div><font face="Arial" size="2">Thanks in advance,</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Bala</font></div></div><br>_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><a href="http://www.pangea.org/mol/spip.php?rubrique2" target="_blank">http://www.pangea.org/mol/spip.php?rubrique2</a><br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>

Je suis de la mauvaise herbe,<br>Braves gens, braves gens,<br>Je pousse en liberté<br>Dans les jardins mal fréquentés!<br> Georges Brassens