<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.6000.20772" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY 
style="WORD-WRAP: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space" 
bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello again!</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I tried the way you explained me, but it doesn't 
seem to work.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I also tried to use the script mode with simple 
commands, but i am getting back error like:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>cannot execute 'gzip'...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>and a series of other errors of 
python.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Could you please help me with this 
situation?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you so much in advance...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Andreas.</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE dir=ltr 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=pett@cgl.ucsf.edu href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">Eric Pettersen</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=proteus.support@gmail.com 
  href="mailto:proteus.support@gmail.com">ProtEUS</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Cc:</B> <A title=chimera-users@cgl.ucsf.edu 
  href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</A> </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Tuesday, June 10, 2008 1:31 
AM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [Chimera-users] Swapaa from 
  Java Runtime.exec</DIV>
  <DIV><BR></DIV>If you run Chimera in nogui mode (i.e. with the command-line 
  flag "--nogui") with no script file argument then standard input would be 
  interpreted as Chimera commands.  Alternatively, you could supply a 
  script file (Chimera commands or Python) as an argument.  This is 
  basically described here:
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV><A 
  href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/options.html#nogui">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/options.html#nogui</A></DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>You could use a series of commands like:</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>open input.pdb</DIV>
  <DIV>swapaa TYR :15.a</DIV>
  <DIV>write output.pdb</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>to do the swapaa.</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>--Eric</DIV>
  <DIV><BR>
  <DIV><SPAN class=Apple-style-span 
  style="WORD-SPACING: 0px; FONT: 16px Helvetica; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate; border-spacing: 0px 0px; -khtml-text-decorations-in-effect: none; -apple-text-size-adjust: auto; orphans: 2; widows: 2">
  <P style="MARGIN: 0px"><FONT style="FONT: 16px Helvetica" face=Helvetica 
  size=5><SPAN class=Apple-converted-space>          
               <SPAN 
  class=Apple-converted-space> </SPAN></SPAN>Eric Pettersen</FONT></P>
  <P style="MARGIN: 0px"><FONT style="FONT: 16px Helvetica" face=Helvetica 
  size=5><SPAN class=Apple-converted-space>          
               <SPAN 
  class=Apple-converted-space> </SPAN></SPAN>UCSF Computer Graphics 
  Lab</FONT></P>
  <P style="MARGIN: 0px"><FONT style="FONT: 16px Helvetica" face=Helvetica 
  size=5><SPAN class=Apple-converted-space>        
                 
   </SPAN><A 
  href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</A></FONT></P><BR 
  class=Apple-interchange-newline></SPAN></DIV><BR>
  <DIV>
  <DIV>On Jun 9, 2008, at 1:14 PM, ProtEUS wrote:</DIV><BR 
  class=Apple-interchange-newline>
  <BLOCKQUOTE type="cite">
    <DIV><FONT face=Arial size=2>
    <DIV><FONT face=Arial size=2>Hello all!</FONT></DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2>I am sorry if this is a dump question, but is 
    it possible for swapaa to run fromJava server with 
    Runtime.exec()?</FONT></DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you very much!!</FONT></DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>
    <DIV><FONT face=Arial size=2>Andreas, Greece.</FONT></DIV></FONT></DIV>
    <DIV 
    style="MARGIN: 0px">_______________________________________________</DIV>
    <DIV style="MARGIN: 0px">Chimera-users mailing list</DIV>
    <DIV style="MARGIN: 0px"><A 
    href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</A></DIV>
    <DIV style="MARGIN: 0px"><A 
    href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</A></DIV></BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>