
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

<font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Hi,<br>

<br>

I'm seing something strange with secondary structure assignments in

peptides. Two examples: PDB 1axc has a peptide bound to PCNA with beta

strand interactions and chimera doesn't pick it up as a strand. In the

other example, 1rxz, it picks up the strand in a similar peptide but

the strand disappear when I run matchmaker with 1ul1 (which also has a

strand at the c-terminus that is not picked up. Is there any

explanation? Are the criteria for secondary structure assignments to

strict?<br>

<br>

One more thing that may have been asked already!!  how does one keeps

the NH and CO of the peptide bond displayed in the ribbons view?<br>

<br>

Thanks<br>

<br>

James<br>

</font>

</body>

</html>