
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Drawing H-bond</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT SIZE="4"><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi Chimera users,<BR>

<BR>

   Recently I’m switching from my favorite molecular graphics software “Pymol” to Chimera.<BR>

I find chimera very useful in terms of structural analysis and easy to drive through the smooth command line.<BR>

I have a question regarding drawing H-bond in figures for publications: Is there a way to instruct the program to draw a H-bond<BR>

Between two particular atoms in dotted (dashed) line style?<BR>

<BR>

  I know that ‘hbond’ does a decent job in finding the H-bonds represented by solid lines. However, in the cases I tried the H-bond network found by ‘hbond’<BR>

Is a bit complicated and simplification is necessary for the figure. I wonder if the user can have a control over which “psudobond” to draw between what atoms.<BR>

This would make the program very handy for me.<BR>

<BR>

  Thanks,<BR>

 Ibrahim<BR>

-- <BR>

<HR ALIGN=CENTER SIZE="3" WIDTH="95%">Ibrahim M. Moustafa, Ph.D.<BR>

Biochemistry and Molecular Biology Dept.<BR>

201 Althouse Lab., University Park,<BR>

Pennsylvania State University<BR>

PA 16802<BR>

<BR>

Tel. (814) 863-8703<BR>

Fax (814) 865-7927<BR>

<BR>

 </SPAN></FONT></FONT>

</BODY>

</HTML>