<h3>Hi, folks!</h3><br>I have a problem about the measurement of torsional angle.<br>In the chimera users' guide about the command angle, as follows, it says that if I select the atoms simultaneously, the order information will get lost.<br>
How can I keep the order information since I need it to calculate the angle I want exactly?<br>For example, in the following command I originally want to calculate the n-ca-c-n(182) dihedral,<br>angle :181.a@n,ca,c:182.a@n<br>
but in fact  what chimera gave me was may be c-ca-n-n(182).<br><br>I want to calculate a lot of diheral information so I can not click one by one in the gui mode, I wonder is there any way  that I can get what I want .<br>
Thanks!<br><br><br><h3>Usage: <br><b>angle</b> <i>atom1 atom2 atom3</i>
[ <i>atom4</i> ]</h3>
<p>
<b>Angle</b> reports the bond angle for three
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#basic">specified</a> atoms or the dihedral angle for
four <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#basic">specified</a> atoms.
The order of specification is important, but atoms need not be connected.
The angle value in degrees is reported in the
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/chimerawindow.html#statusline">status line</a> and
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/reply.html"><b>Reply Log</b></a>.
</p><p>
The atoms can be
specified collectively using the word <b>selected</b>, <b>sel</b>, or
<b>picked</b> if the current <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/selection.html">selection</a>
contains only the three or four atoms of interest; the
order in which the atoms were <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/selection.html">selected</a>
(most likely <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2199/docs/UsersGuide/selection.html#pickselect">picked</a>) is used.
<span style="background-color: rgb(255, 0, 0);">When order information is lacking
(for example, the atoms were selected simultaneously),
the angle actually measured may not be the one intended.</span>
</p><p>
There are no automatic updates if the angle changes.  A new command
must be issued to measure the changed angle.
<span style="background-color: rgb(255, 0, 0);"></span></p><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);"></span><br clear="all"><br>-- <br>Chao Wu<br><br>Currently:<br>National Institute of Biological Sciences, Beijing<br>
Huang Niu's Lab<br><a href="http://www.nibs.ac.cn/" target="_blank">http://www.nibs.ac.cn/</a><br>
Tel: 80726688-8572<br>Address: Beijing ZhongGuanCun Life Science Park, NO.7 Science Park East Road, NIBS B427<br>Postcode: 102206<br><br><br><br>Life Science Honors Program, China Agricultural University<br>PO.1055, NO.2 YuanMingYuan west road, Beingjing, 100094<br>

P.R. China<br>Tel: 86-10-62812484<br>E-mail: <a href="mailto:lynnwuchao@gmail.com" target="_blank">lynnwuchao@gmail.com</a>