
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7234.20">

<TITLE>calculating interphosphate distance</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear chimera users,<BR>

                                                                                                                                                            <BR>

i) Greetings. I have a trajectory of 1000 conformations of a RNA molecule. I want to see the distribution of interphosphate distance. say i want to see the P-P distance of the residue 3 paired with a residue 38 in the opposite strand. Is it possible in anyways.<BR>

                                                                                                                                                            <BR>

ii) Suppose when i source a file from command line option : source dist, chimera nicely takes the distance commands in the file and displays the distances in the GUI. Is it possible to send the output to a file rather than seeing in GUI.<BR>

<BR>

Thanks,<BR>

Bala</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>