Hi, folks!<br>I came across with a problem when using <br>chimera --nogui file.cmd > data.log<br><br>the file.cmd is as follows:<br><br>open /home/lynn/project/hivrt_pdb/holo_without_mutation/1C1C.pdb<br>findclash :.het@C1 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@C2 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C3 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C4 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C5 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@C6 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@S overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C7 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C12 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@CF overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@CH overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@CI overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C11 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@O11 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@N8 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@C9 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@O9 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@N10 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@CA overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@OB overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>findclash :.het@CC overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br>
findclash :.het@CD overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br><br><br>If i use the graphic version and read the cmd file, it worked quite well and I can find all I need in the reply log.<br>But when it came to the nogui version, the data file only contains the result of the first two lines of the cmd file. That is <br>
<br>open /home/lynn/project/hivrt_pdb/holo_without_mutation/1C1C.pdb<br>findclash :.het@C1 overlap -1 hbond 0 ignoreIntraRes true log true<br><br><br>Results are: <br>Opening 1C1C.pdb...<br>1 model opened<br>Opened 1C1C.pdb containing 1 model, 7997 atoms, and 1096 residues<br>
Allowed overlap: -1<br>H-bond overlap reduction: 0<br>Ignore overlap between atoms separated by 4 bonds or less<br>Ignore intra-residue overlaps<br><br>5 overlaps<br>atom1  atom2  overlap  distance<br>#0:999.het@C1  #0:100.A@CD1  -0.352  4.112<br>
#0:999.het@C1  #0:100.A@CD2  -0.643  4.403<br>#0:999.het@C1  #0:188.A@CD2  -0.723  4.363<br>#0:999.het@C1  #0:188.A@CB   -0.883  4.643<br>#0:999.het@C1  #0:188.A@CG   -0.989  4.479<br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>Error in the shell is as follows:<br>
<br>$ /usr/local/chimera/bin/chimera --nogui /home/lynn/cmd/1C1C.cmd > /home/lynn/project/data/distance/1C1C.dist<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/usr/local/chimera/share/__main__.py", line 65, in ?<br>
    value = chimeraInit.init(sys.argv)<br>  File "/usr/local/chimera/share/chimeraInit.py", line 358, in init<br>    replyobj.reportException(<br>  File "CHIMERA/share/chimera/replyobj.py", line 610, in reportException<br>
  File "CHIMERA/share/chimera/replyobj.py", line 438, in nogui_message<br>ValueError: I/O operation on closed file<br>$ <br><br><br><br><br><br><br><br><br><br>Could anyone give me hand? I am really frustrated! Thanks in advance...<br>
<br><br><br clear="all"><br>-- <br>Chao Wu<br><br>Currently:<br>National Institute of Biological Sciences, Beijing<br>Huang Niu's Lab<br><a href="http://www.nibs.ac.cn/" target="_blank">http://www.nibs.ac.cn/</a><br>Tel: 80726688-8572<br>
Address: Beijing ZhongGuanCun Life Science Park, NO.7 Science Park East Road, NIBS B427<br>
Postcode: 102206<br><br><br><br>Life Science Honors Program, China Agricultural University<br>PO.1055, NO.2 YuanMingYuan west road, Beingjing, 100094<br>P.R. China<br>Tel: 86-10-62812484<br>E-mail: <a href="mailto:lynnwuchao@gmail.com" target="_blank">lynnwuchao@gmail.com</a>