
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7234.20">

<TITLE>saving complex structure</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear chimera friends,<BR>

<BR>

I have a protein-RNA complex pdb structure. I want to remove the RNA in the crystal structure and put my RNA molecule in to the binding site.<BR>

Since my RNA is very big around 20bp long, i prefer to manually dock my RNA followed by a big simulation than a automated docking. I tried in chimera and i saved the complex structure with the option "save the displayed atoms". But when i see the pdb structure, it has the coordinates of RNA molecule but not the protein.  Also when i open the pdb in chimera, it shows me the protein structure.  Kindly write me your comments on using chimera i) for such a manual docking and also ii) how to save the complex structure.<BR>

<BR>

<BR>

Wish you all a happy new year,<BR>

Bala<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>