Dear Elaine,  Thank you very much for your detailed reply. I worked on the PDB id 1A6M as suggested by you and followed the same instructions. I used +2 for FE and -4 for HEME and found following message at the end. The details about the calculations are also attached in this mail along with mol2 file. Before calculation, I removed the water, oxy and so4 in het entry and did the calculations with protein and heme alone.

<br><br>Here is what I am getting at the end using BC-AM1<br><br>Charges for residue HEM[non-FE] determined<br>Total charge for #0: 2.0001<br>Unable to find GAFF type for #0:154.het@FE<br><br>what is this message?<br><br>

log file along with the charge snapshot is attached with this mail. <br><br>So, Can I use this mol2 file in DOCK 6 calculations? I am lil worried since the pre-calculated charges for amber are different from the the one I am getting using chimera and antechamber combination. 

<br><br>I will highly appreciate your reply and suggestions.<br><br>Thanks in advance,<br>s<br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Nov 6, 2007 12:16 PM, Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu

</a>> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi "S"<br>We are glad you like Chimera.<br><br>(1) HEM and FE charges.  AMBER charges are assigned for the protein,

<br>but not for the nonstandard residue HEM/FE.  Since FE is only one<br>atom, it will put whatever integer charge you specify on that atom<br>(without trying to "calculate" the charge).  You can see the assigned

<br>charge by labeling the atom with its charge value (see below) or<br>looking in the charge column of the output Mol2 file, if you wrote it<br>out.  The Add Charge dialog will always show +2 for your FE because<br>it always uses the same method to guess what the charge should be,

<br>but that does not mean the currently assigned charge is +2.  I just<br>tested this by specifying FE charge +7 and then labeling the atom;<br>Add Charge did assign +7.  For the example structure PDB 1a6m,<br>however, +2 is the correct charge for FE and -4 the correct charge

<br>for the rest of HEM, protoporphyrin IX.<br><br>To label atoms with their charges, select the atoms of interest, then<br>either use the commands:<br><br>labelopt info charge<br>label sel<br><br>or use the menu Actions... Label... other... and choose the attribute

"charge" from the pulldown menu in the labeling dialog. (2) Charge set.  Only all-atom charges can be assigned by Chimera, not united-atom (where the nonpolar CH CH2 and CH3 are treated as single points).

<br><br>I hope this helps,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                          <a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a><br>UCSF Computer Graphics Lab and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry

<br>University of California, San Francisco<br>                      <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html</a><br><div><div></div><div class="Wj3C7c">

<br><br><br><br>On Nov 6, 2007, at 7:58 AM, snoze pa wrote:<br><br>> Hi, I am new in this mailing list but found chimera more useful<br>> than any other software. I was building a protein that contain<br>> HEME. When I was calculating the charge using chimera interface,

<br>> then it is asking for HEM[FE] and HEM[nonFE] formal charge. I know<br>> chimera is using MMTK and AMBER forcefield. If I will give the<br>> default value then it is assigning +2 charge to Fe, which is not a

<br>> match based on AMBER forcefield.  Meanwhile I try to change the<br>> Formal charge manually, but still it gives the same +2 for Fe.<br>> Anybody used chimera to prepare a protein having heme for dock or<br>

> geometry build.<br>><br>>  My another question is: Is it possible in chimera to merge<br>> nonpolar hydrogen charges on the heavy atoms, the technique used in<br>> autodock.<br>><br>> I will highly appreciate your help and suggestions in this matter.

<br>> thanks in advance.<br>> s<br>><br><br></div></div></blockquote></div><br>