<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><DIV></DIV><DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 30, 2007, at 10:50 AM, Virginia Pett wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"> <FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px">Eric,<BR> Yes, my ultimate goal is more complicated than the examples that I gave.  I would like to find all the Lys residues in the structure that are less than 8 Å apart from each other.  After several hours of frustration with the Selector Construction Panel, I decided to try a simpler question in order to test whether I was using the Workbench correctly and to test whether any information was being saved.  <BR> <BR> I may not have understood your reply correctly.  Here is what I tried just now.  I selected all atoms NZ (@NZ).  THEN I invoked the Selector Construction Panel.  (In my previous experiments, the Construction Panel had been invoked before I made the selection in the main window.)  Then I proceeded as before, in the Selector Construction Panel: Workbench, Load from current.  The Status panel shows workbench content:  Existing Selection.  Then Workbench, Save, as All NZ atoms, for example.  However, as before, when I go back to the main window, Select, Clear Selection and then Select All NZ atoms, there is nothing selected.<BR> <BR> Virginia<BR> <BR> <BR> <BR> <BR> On 10/25/07 7:56 PM, "Eric Pettersen" <<A href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</A>> wrote:<BR> <BR> </SPAN></FONT><BLOCKQUOTE type="cite"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px">Hi Virginia,<BR> Perhaps you could describe what your ultimate goal here is -- there may be an easier way to achieve it than by constructing a custom selector.<BR> But in regards to your problem, for the purposes of selector construction the "Existing Selection" isn't what is selected at that instant -- it's what's selected at the time the selector is invoked from Chimera's Select menu.  This allows you to build selectors that intersect the peptide backbone with the current selection for example.<BR> If you want to make a selector that simply holds what's currently selected, use the Name Selection... entry in Chimera's Select menu.  That creates a selector under Named Selections in the Select menu, and will also be remembered in saved sessions.<BR> <BR> --Eric<BR>  <BR> <BR> </SPAN></FONT><FONT size="6"><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:24.0px">                        </SPAN></FONT></FONT><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px">Eric Pettersen<BR> </SPAN></FONT><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"> <BR> <BR> </FONT></SPAN><FONT size="6"><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:24.0px">                        </SPAN></FONT></FONT><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px">UCSF Computer Graphics Lab<BR> </SPAN></FONT><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"> <BR> <BR> </FONT></SPAN><FONT size="6"><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:24.0px">                        </SPAN></FONT></FONT><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px"><A href="mailto:pett@cgl.ucsfedu">pett@cgl.ucsfedu</A><BR> </SPAN></FONT><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"> <BR> <BR> </FONT></SPAN><FONT size="6"><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:24.0px">                        </SPAN></FONT></FONT><FONT face="Helvetica, Verdana, Arial"><SPAN style="font-size:12.0px"><A href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</A><BR> </SPAN></FONT><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"> <BR>  <BR> <BR> On Oct 25, 2007, at 2:22 PM, Virginia Pett wrote:<BR> <BR> </FONT></SPAN><BLOCKQUOTE type="cite"><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"> Hello,<BR>  There is a difficulty with the Selector Construction Panel.  I make a selection in the main window, such as chain A or atom @NZ.  The Inspect Selection panel shows that I have made a selection.  Then in the Selector Construction Panel: Workbench, Load from current.  The Status panel shows workbench content:  Existing Selection.  Then Workbench, Save, as chain A, for example.  However, when I go back to the main window, Select, Clear Selection and then Select, chain A, there is nothing selected.<BR>  <BR>  I downloaded the latest version of Chimera for Mac OS X a few days ago (chimera-1.2422-osx_x11.dmg).  I’m running it on a PowerBook G4 with Mac OS X (10.4.10).<BR>  Virginia<BR>  _____________________________________________________                                                    <BR>  <BR>  Virginia B. Pett<BR>  Professor of Chemistry<BR>  Department of Chemistry, The College of Wooster<BR>  943 College Mall, Wooster, OH 44691<BR>  Telephone:  330-263-2114<BR>  Fax:  330-263-2386<BR>  <BR>  <BR> _______________________________________________<BR> Chimera-users mailing list<BR> <A href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</A><BR> <A href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://wwwcgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</A><BR>  <BR> </FONT></SPAN></BLOCKQUOTE><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><BR> <BR> </FONT></SPAN></BLOCKQUOTE><SPAN style="font-size:12.0px"><FONT face="Verdana, Helvetica, Arial"><BR> <BR> _____________________________________________________                                                    <BR> <BR> Virginia B. Pett<BR> Professor of Chemistry<BR> Department of Chemistry, The College of Wooster<BR> 943 College Mall, Wooster, OH 44691<BR> Telephone:  330-263-2114<BR> Fax:  330-263-2386<BR> <BR> </FONT></SPAN>  </BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>