<div>Hi Tom</div>
<div>          actually i calculated the cavity inside my protein through voidoo and it gives me a map. so i was trying to see residues lining the cavity. i was not aware that voidoo gives us list of atoms lining the cavity in its log file. any way i looked in the log file and found the residue. i manually selected the residue (about 100) and make the figures. but it is nice if i can do it by computers without typing the resid of about 100 residue.
</div>
<div> </div>
<div>Thank you.</div>
<div>Dhiraj<br><br> </div>
<div><span class="gmail_quote">On 9/7/07, <b class="gmail_sendername">Tom Goddard</b> <<a href="mailto:goddard@cgl.ucsf.edu">goddard@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi Dhiraj,<br><br>A couple questions?  What do you mean by "around 3.2A of channel or<br>map"?  Do you mean distance from the atom to the nearest contour surface
<br>point?  That would would include all the atoms near the map, even those<br>far from the portal.  Do you also want to restrict to 3.2A of the<br>portal?  How do you define that?  Does it mean 3.2A from the z axis<br>(treating the portal like a straight line)?  Or have you already limited
<br>the selection to ions in the channel and you just want to know which of<br>them is within 3.2A of the contour surface?<br><br>Please describe your problem in more detail.<br><br>There is a tool on the Chimera experimental features page that you can
<br>download separately that measures distances from atoms to surfaces.<br>That may be of use although it is not able to select the atoms within a<br>given distance.  The code could be easily modified to achieve that.  It
<br>is called "Distance to Surface" and is available on this page:<br><br>   <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/experimental/experimental.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/experimental/experimental.html
</a><br><br>Tom<br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Dhiraj K. Srivastava<br>Department of Chemistry<br>University of Missouri-Columbia<br>MO, 65211<br>Ph. no. 001-573-639-0153