Thanks a lot for your rapid answer,<br>Best regards,<br>Magali Cottevieille.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 8/21/07, <b class="gmail_sendername">Thomas Goddard</b> <<a href="mailto:goddard@cgl.ucsf.edu">goddard@cgl.ucsf.edu
</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Magali,<br><br>   The Chimera "fit model in map" does a real-space local optimization.
<br>  It applies rigid rotations and translations to maximize the average<br>map value at the atom positions.  It uses gradient descent.<br><br>   Here is info on how to use it and reference documentation:<br><br><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials/volumetour/volumetour.html#fitmodel">
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/tutorials/volumetour/volumetour.html#fitmodel</a><br><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/fitmodels/fitmodels.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/fitmodels/fitmodels.html
</a><br><br>    Tom<br></blockquote></div><br>