<HTML >
<HEAD>
<META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">



<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7651.59">
<TITLE>modeling non-standard amino acids</TITLE>
</HEAD>
<BODY >
<DIV>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hello,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">My name is Daniel Wendt and I work for Biomarin Pharmaceuticals in Novato, Ca.  I'm trying to use Chimera's modeling software to predict structural changes that are imparted on my 22 amino acid peptide by the insertion of two non-standard changes to the peptide bond.  In one case, I am adding a methyl group to the backbone amide bond.  In another case, I'm removing a carbonyl from the backbone amide bond.  This peptide then needs to be cyclized by the formation of a intra-disulfide bond.  I do have x-ray crystal structure data of my cyclized peptide bound to one of its receptors.  Do you know how one goes about doing this?  Do you have any references that might help?</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Thank you in advance!</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Daniel Wendt</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Senior Scientist</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">BioMarin Pharmaceutical</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Novato, Ca 94949</FONT>

<BR><FONT SIZE=2 FACE="Arial">(415) 506-6131</FONT>
</P>

</DIV>
<eXclaimer:HTML_ONLY><BR></eXclaimer:HTML_ONLY>
<DIV STYLE="FONT-SIZE: 9pt">This message is intended only for the confidential use of the intended recipient(s). If you have received this communication in error, please notify the sender by reply e-mail, and delete the original message and any attachments. Any unauthorized disclosure, copying, or distribution of this message (including the attachments), or the taking of any action based on it, is strictly prohibited.</DIV></BODY></HTML>